Jackson začal hrát v malé roli ve filmu Crooked Hearts v roce 1991. Příští rok hrál roli Charlieho v hudební verzi Willie Wonky a továrny na čokoládu. V tomto okamžiku se s pomocí castingové režisérky hry Laury Kennedyové připojil k agentuře William Morris. Brzy poté získal roli Charlieho (#96) v seriálu Mighty Ducks a hrál mladého a ctižádostivého hokejistu.
Joshua Jackson se objevil jako Pacey Witter na Dawson ‚ s Creek, který vytvořil Kevin Williamson a běžel na síti WB v letech 1998 až 2003, a také hrál Jamese Van Der Beeka, Michelle Williamsovou a Katie Holmesovou. Zatímco přehlídka byla na dovolené, on se objevil v několika filmech, včetně Kruté Záměry (New York yuppie adaptace Les Liaisons dangereuses, že také hrála Sarah Michelle Gellar a Ryan Phillippe), Lebky, Bezpečnosti Objektů, Laramie Projektu a krátké cameo v remaku dannyho parťáků, v níž se zjevuje, jak se v pokerové scény s Brad Pitt, George Clooney a Holly Marie Combs, mezi ostatními. V roce 2000 byl také host-hrál v Sezóně 12 Simpsonovi, vyjadřovat charakter Jesse Trávy, „hunky ekolog“ a milostný zájem pro Líza Simpsonová v dílu „Lisa the Tree Hugger“. V roce 2000 byl také obsazen jako „Beau“ do filmu Gossip s herci Jamesem Marsdenem, Kate Hudsonovou a Normanem Reedusem.
Krátce poté, co Dawson ‚ s Creek skončila v roce 2003, Jackson hrál hlavní roli ve filmech po boku Dennise Hoppera (Americano), Harvey Keitel (Stíny na Slunci), a Donald Sutherland (Aurora Borealis). V roce 2005 se Jackson přestěhoval do Velké Británie a debutoval na londýnském West Endu s Patrickem Stewartem v dvojčlenné hře Davida Mameta život v divadle. Hra byla kritickým a populárním úspěchem, a běžel od února do dubna téhož roku. Jackson řekl, že uvažuje o návratu na jeviště a vyzkouší si ruku na Broadwayi. Jeho další filmová role byla v Bobbym, režie Emilio Estevez, Jacksonova hvězda z Mighty Ducks. On hrál hlavní roli v Shutter, americký remake thajského hororu stejného jména. Hrál a působil jako výkonný producent v kanadském nezávislém filmu Jeden týden, který byl otevřen 6. března 2009.
Od roku 2008 do roku 2013, Jackson hrál hlavní roli Petera Bishopa ve sci-fi seriálu Fringe, kterou vytvořil JJ Abrams, Roberto Orci a Alex Kurtzman. Seriál se objevil v televizní síti Fox a byl druhým nejlépe hodnoceným novým pořadem sezóny 2008-2009 po CBS The Mentalist. BuddyTV ho zařadil #9 na seznamu „100 Nejsexi mužů v televizi 2010“, # 19 v 2011 a # 14 v 2012.
Jackson byl nominován na Genie Award za Nejlepší Výkon Herce v hlavní Roli za film Jeden Týden. Cenu získal 12. dubna 2010. Držel a hostil satirický Pacey-Con v roce 2010, přímo přes ulici od San Diego Comic-Con, sportovní bowlingové tričko a rozdávání fan fiction, napsal Dawson ‚ s Creek fanoušky, aby ti, kteří čekají na Comic-Con vstupní řádek. Záběry z události byly zaznamenány pro video, s názvem „Pacey-Con“, který natáčel pro web humoru celebrit Funny or Die Will Ferrell. V roce 2013 se Jackson objevil ve filmu IFC Inescapable s Marisou Tomei a Alexandrem Siddigem. Jackson napsal první příběh z komiksové trilogie Beyond The Fringe s názvem „Peter and the Machine“. Jackson hrál v úspěšné televizní show Showtime The Affair, kde hrál Colea Lockharta, protagonistu manžela nevěrné Alison Lockhartové.
V Březnu 2018, Jackson dělal jeho divadelní debut na Broadwayi, Bohem zapomenuté Děti, kde hrál James Leeds, netradiční učitel ve škole pro neslyšící, kdo se dostane do konfliktní profesionální a romantický vztah s bývalým neslyšící student, Sarah Norman (Lauren Ridloff). Hra probíhala do května 2018.
v roce 2019 hrál Jackson jako obhájce Mickey Joseph v dramatické minisérii Netflix When They See Us.
v roce 2020 si Jackson zahrál s Reese Witherspoon a Kerrym Washingtonem v minisérii Hulu Little Fires Everywhere podle románu Celeste Ng.
Jackson byl obsazen do titulní role v Dr. Death, založené na podcastu stejného jména.