politický systém Tokugawa byl snad nejsložitějším feudálním systémem, jaký kdy byl vyvinut. Bylo to podobné Evropský feudální systém (papež, císař nebo král, feudální baroni, a příchytky v Evropě ve srovnání s císařem, shogun, daimyo, a samuraji samurajů v Japonsku), ale to bylo také velmi byrokratické, atribut není spojena s Evropského feudalismu.
tento politický systém byl nazýván systémem bakuhan. Baku pochází z bakufu, což byla vláda, kterou vůdci Tokugawy používali ke správě svých soukromých záležitostí uvnitř svého vlastního léna. Han znamená doménu a odkazuje na 250 domén, které existovaly po celé období Edo. Bakuhan tedy odkazuje na soužití vlády Tokugawa se samostatnými, nezávislými vládami v každém z lén. Vzhledem k tomu, každý daimyo byl držák shogun, bakufu nebo shogunate měl nějakou moc v celém Japonsku. Nebyl to federální systém ani centralizovaná hierarchie politických autorit; spíše to byl systém, ve kterém existovaly dvě úrovně vlády s vysokou mírou nezávislosti.
šógunát Tokugawa byl velmi podobný jakékoli doménové vládě v tom, že byl zodpovědný nejprve za správu omezeného území, léno domu Tokugawa. Jako takový, se týká samotného s vládnoucí třída samurajů, vybírání daní (především v zemědělství), udržovat pořádek, bránit léno, řízení měst, podpora obchodu a výroby, které byly vyžadovány v léno, což omezuje nežádoucí druhy obchodu a tak dále. Ve většině domén byl rozsah vlády podobný. Ve skutečnosti, jak období Edo pokračovalo, většina domén kopírovala systém šogunátu.
šógunátu Tokugawa měl také povinnosti a obavy, který šel nad rámec těch běžných domén; Tokugawa byly, po tom všem, hegemonů předsedat celé zemi.
Tokugawská vláda se zabývala pouze císařským dvorem, císařskou šlechtou a samotným císařem. Císař byl zdrojem legitimity, protože úřad šóguna byl císařským jmenováním. Dále, konfucianismus, který byl oficiální ideologií domu Tokugawa během období Edo, zaměřil pozornost na císaře. Šógunát Tokugawa tak založil monopol na přístup k císařskému dvoru. Jako období plynul, monopol byl prolomen, ale to je v podstatě pravda, že Tokugawa kontrolováni a manipulováni soud pro své vlastní účely.
šógunát měl téměř monopol na zahraniční obchod a zahraniční věci. Obchodní monopol byl důležitý, protože významné zisky byly k dispozici pouze Tokugawě. Zahraniční obchod byl také povoleno prostřednictvím Satsuma domény na Ryukyu království (Okinawa) a přes Tsushima domény do Koreje, ale obecně řečeno diplomatické záležitosti byly pečlivě kontrolovány Tokugawa.
zahraniční vztahy byly klíčové, protože jejich kontrola učinila prohlášení politické veřejnosti, že dům Tokugawa má kontrolu nad všemi aspekty vlády; byl to další zdroj legitimity. V souladu s tím šógunát Tokugawa omezil diplomatický kontakt tím, že po roce 1639 zakázal všem Evropanům kromě Holanďanů příchod do Japonska; to byla politika národní izolace (sakoku). Ale i odloučení bylo výkonem moci, které zapůsobilo na pozorovatele a povzbudilo podřízení.
snad nejdůležitější úlohou šógunátu byla kontrola domén, han. To bylo přesně to, co v období válčících států chybělo, schopnost ústřední autority prosazovat mír. Během čtyřiceti let před Edo, tři unifiers, Oda Nobunaga, Tojotomi Hidejoši a Tokugawa Ieyasu, se vyvinul systém, který dokázal, stále je schopen zajistit loajalitu a poslušnost poddaných. Šógunát Tokugawa vzal tuto předchozí zkušenost a zdokonalil ji k dokonalosti.
prvky tohoto systému zahrnovaly policejní a špionážní síť, která hlásila jakoukoli podezřelou aktivitu samuraje nebo daimya. Daimyo bylo povinno nahlásit jakékoli navrhované manželské spojenectví mezi doménami šogunátu ke schválení. Kontakt mezi doménami byl zakázán, aby se omezily možnosti spiknutí proti šógunátu. Počet hradů, jejich velikost a síla byly velmi přísně omezeny.
šógunát by mohl potrestat daimyo za přestupky různými způsoby; doména by mohla být snížena ve velikosti, daimyo by mohl být posunut na zcela jiné doméně, nebo, nejvyšší sankci, sebevražda může být požadováno, snad s další trest z jeho rodu byl snížen stav v non-daimyo úrovni.
nejdůležitějším aspektem systému řízení han byl sankin-kotai systém, nebo systém alternativní pobytu v Edu. To vyrostlo z dobové praxe válčících států, kdy požadovali vysoce postavené rukojmí od vazalů nebo spojenců, aby zaručili dobré chování. Zakladatel šógunátu, Tokugawa Ieyasu, byl sám rukojmím téměř 13 let jako mladý chlapec.
Tokugawa však formalizoval držení rukojmí. Stanovili pravidla, která stanovila pro každého daimyo časové období každý rok (nebo dva nebo tři), během kterého musí daimyo žít v Edo. Daimyova rodina by musela žít v Edu, když se daimyo vrátil do svého panství, takže jeden stál jako rukojmí pro druhého.
nejen, že to udělal, poskytnout rukojmí, ale je kladen také ekonomickou zátěž na daimyo, který odváděna zdroje, které by jinak šly do vojenské přípravy proti šógunátu. Daimyo musel udržovat velké rezidenční a podpůrné zařízení v Edo i ve své doméně. Museli také cestovat do A Z Eda po trase diktované šógunátem. Většina cestovala na Tokaido, protože Nakasendo byl používán císařským dvorem, ale celková zátěž byla rozložena mezi oběma silnicemi. Celý systém spotřeboval asi 25% příjmů, které má většina daimyo k dispozici.
šógunát byl však pouze jednou částí bakuhanského systému; domény byly druhé. Domény byly nezávislé, pokud jde o jejich vnitřní uspořádání, pokud nedošlo ke konfliktu se zájmy šógunátu. V praxi domén dobrovolně duplicitní šógunátu je systém vlády, do značné míry proto, že zájmy a problémy vztahující se na jeho úroveň byly podobné těm, které šógunátu: jak udržet stabilitu a pořádek. Navíc pravomoci, které šógunát vykonávána v oblastech měl vliv nutí domén se chovat v podstatě stejným způsobem, protože oni byli čelí stejné požadavky.
například, všechny podstatné domén udržuje obchodní operace v Osaka, národní trh, s cílem prodat rýže a dalších komodit tak, aby zvýšit peníze vyžadované alternativní docházkový systém. Tato standardizace hodně snížila regionální rozdíly a potenciální antagonismy během období Edo.
stejně jako šógunát měl daimyo velký zájem na uklidnění a kontrole svých poddaných a samurajů obecně. Během pozdního 16. Století, Toyotomi Hideyoshi odzbrojil rolníky prostřednictvím série meč loví s cílem snížení jejich příspěvku k chaosu a připnout k zemědělské činnosti sám. V letech po roce 1588, samurai byly postupně odstraněny z jejich nezávislé léna v přírodě a přinesl do daimjó‘ hrad městech žít. Samuraj se oddělil od rolnictva jak v sociální roli, tak v místě bydliště.