Vědci z Harvardské Univerzity shromáždili první téměř kompletní genom malý bush moa, nelétavý pták, který šel zaniklý brzy po Polynésané se usadil na Novém Zélandu na konci 13.století. Plnění se pohybuje v oblasti zaniklé genomů blíže k cíli „de-zánik“—čímž zmizel druhů zpět do života tím, uklouznutí genomu do vejce žijících druhů, „Jurský Park“.
„De-zánik pravděpodobnost se zvyšuje s každou zlepšení v dávných analýzu DNA,“ řekl Stewart Brand, spoluzakladatel neziskové zachování skupině Oživit a Obnovit, který si klade za cíl oživit zmizel druhů, včetně holub stěhovavý a chlupatý mamut, jejichž genomy byly již většinou poskládal dohromady.
Pro moa, jehož DNA byl přestavěn z prstu kostní muzejní exemplář, který by mohl vyžadovat trochu více genetické šťourat a hodně vajec: 6-palcový dlouhé, 1-pounder, že emu ležel může být jen letenku.
práce na malý bush moa má zatím být zveřejněny ve věstníku (výzkumníci zaslali nerecenzované papíru na veřejném místě), ale kolegové v malém světě zaniklé genomů zpívali jeho chválu. Morten Erik Allentoft z přírodovědného muzea v Dánsku, odborník na DNA moa a další vyhynulé genomy, nazval to “ významným krokem vpřed.“Beth Shapiro z Kalifornské univerzity v Santa Cruz, která vedla studii z roku 2017 rekonstruující genom holuba cestujícího, ji nazvala „super cool“, protože “ nám dává vyhynulý genom na evoluční větvi, kde jsme předtím neměli.“
to, že se shromáždění vyhynulého genomu šíří jako vědecký samizdat, není v této oblasti neobvyklé. Deníky požadují od novin víc než „tady to je“, řekl Ben Novák, spoluautor studie pasažér holubů. „Číslo, které bylo skutečně provedeno, je možná čtyřnásobné „čtyři nebo pět vyhynulých genomů formálně hlášených“, ale výsledky jsou jen v laboratořích lidí.“
téměř kompletní vyhynulé genomy zahrnují kromě mamuta vlnitého dva lidské příbuzné, neandrtálce a Denisovany a holuba pasažéra. Zebra-jako kvaga byla prvním vyhynulých druhů mají jeho DNA, v genomické Kamenné z roku 1984, ale to není na moderní standardy.
Vědci jsou také blízko k rekonstrukci genomů dodo, nelétavého ptáka, který vyhynul z Mauricia, jeho jediný domov, v pozdních 1600s, a velká, která žije v Severním Atlantiku před smrtí v polovině 19.století. Minulý měsíc vědci v Austrálii odhalili genom tasmánského tygra, z nichž poslední zemřel v zajetí v roce 1936.
v každém případě byly kroky podobné. Vědci sbírají vzorky tkání z muzejních exemplářů: muzea Victoria v Melbourne, Austrálie, měl skvělé Tasmánské tygry, například, zatímco Královské muzeum Ontario v Torontu mělo pěknou špičkovou kost z malého bush moa. Poté extrahují DNA. Je to téměř vždy tak špatně roztříštěné jako rozbitý pohár na víno, protože „rozpad DNA začíná během několika dní po smrti,“ řekl Shapiro z UCSC.
naštěstí to není problém. Dnešní vysoce výkonné sekvencery genomu skutečně fungují nejlépe na měření dna skóre na stovky nukleotidů-ikonické A, T, C a G, které obsahují DNA dlouhé.
choulostivá část je zjistit, kde kousky patří do genomu: na kterých chromozomech a v jakém pořadí. K tomu, Harvard Alison Cloutier a zbytek malý bush moa tým (který odmítl mluvit o práci, než její formální publikace) vzal jejich 900 milionů nukleotidů, roztroušených po celé miliony DNA kousky, a snažil se zápas je, aby konkrétní místa v genomu emu, blízký příbuzný ze všech devíti druhů moa.
to vědcům umožnilo získat zhruba 85 procent genomu na správném místě. „Zbylých 15 procent je v jejich datech, ale je obtížné je zorganizovat pomocí genomu emu,“ uvedl Novák. Přeměna malých kousků DNA na kompletní genom “ byla mimořádně obtížná. Skutečnost, že by mohli získat genom z malé kosti bush moa toe, je velký problém, protože nyní bychom mohli být schopni použít jejich data k jiným vyhynulým druhům ptáků.“
je to proto, že ptačí genomy, včetně osmi dalších (všech vyhynulých) druhů moa, mají podobné struktury. To znamená, že geny pro určité rysy mají tendenci být na stejném chromozomu a uspořádány ve vztahu k jiným genům podobným způsobem. Čím více vodítek, jak uspořádat kousky genomu, které sekvencer vyplivne, tím lépe.
například Shapiro a její paleogenomický tým použili genom holuba pásového, aby zjistili, jak uspořádat své krátké sekvence DNA. Snaží se udělat něco podobného pro dodo, pomocí genomu nicobarského holuba (nejbližšího živého druhu) jako šablony.
je“ extrémně obtížné “ získat správnou organizaci genomu, řekl Charlie Feigin, postdoktorand na Princetonské univerzitě, který vedl sekvenování genomu tasmánského tygra. „Můžete se podívat na blízce příbuzné druhy pro stopy,“ ale bez záruky správného uspořádání vyhynulého genomu. „Na této struktuře záleží, ale diskutuje se o tom, do jaké míry musí být dokonalá.“
Pro mamutí projekt, například, vědci jsou sekvenování slon chromozomů získat lepší pocit, jak mamutí DNA je organizována, řekl Harvardu George Kostel, který je vedoucí projektu. Doufají také, že se zlepší Příroda, geneticky inženýrská odolnost vůči herpes viru do genomu mamuta (tím lépe ho udržet naživu by mělo fungovat de-extinction). Někteří vědci věří, že herpetické infekce pomohly zabít mamuta. Church uvedl, že jeho laboratoř chce letos oznámit pokrok na obou frontách.
nejlepší odhad je, že pokud vědci vzkříšen vyhynulý druh tím, že jeho znovu genomu do vejce žijících druhů, pravděpodobně by neměl být dokonalou kopií originálu. „Vyhynulý“ holub cestující může jíst to, co původní, ale má různé reprodukční a sociální chování, například.
krok uvedení do vajíčka se u ptáků ukazuje jako těžší než u savců. Rekonstruovaný genom může být zaveden do savčího vajíčka pomocí klonovací techniky, která produkovala ovce Dolly. Ale to u ptáků nefunguje— „alespoň zatím,“ řekl Brand. Jednou z nadějí je získat řešení, které nedávno uspělo u kuřat, v podstatě uvedení genomu do embryonálních buněk, které se stávají vejci nebo spermiemi, aby uspěly u volně žijících ptáků.
to je „jedna z věcí, na kterou se Revive and Restore nyní zaměřuje,“ řekl Brand. „De-extinction přichází postupně a jistě. Nakonec to bude považováno jen za další formu znovuzavedení, „jako přivést“ vlky zpět do Yellowstone Park beavers zpět do Švédska a Skotska.“
Publikováno se svolením STAT. Tento článek se původně objevil 27. února 2018