Univerzita byla založena jako San Jose Bible College v roce 1939, v San Jose William Jessup, první rektor školy. Eugene Claremont Sanderson původně založil školu s názvem evangelium Bible University v San Jose v roce 1934, ale nebyl schopen, aby bylo životaschopné. Jako výsledek, najal Williama Jessupa, jeden z jeho bývalých studentů, aby převzal. V roce 1951 se škola rozšiřuje a San José State University přes ulici zasahovali, San Jose Bible College přesunuta na pozemek ohraničený Coyote Creek, 12th Street a téměř 30 let později, jsem-280. Malý kampus tvořily budovy ve španělském stylu a několik kolejních budov.
William Jessup odešel do důchodu v roce 1960 a byl následován Alvanem L. Tiffinem. Později byl Woodrow Phillips, absolvent, prezidentem v letech 1968 až 1979 a Chuck Boatman prezidentem v letech 1979 až 1984. Dr. Bryce Jessup, absolvent Pepperdine University a syn původního prezidenta, byl prezidentem v letech 1984-2010, když odešel do důchodu. Dr. John Jackson byl vybrán jako šestý prezident v březnu 2011.
v 1989, škola byla přejmenována na San Jose Christian College a byl regionálně akreditován WASC v 2002. Jako správa nebyla schopna najít nové místo v Santa Clara Valley, to bylo rozhodl přestěhovat do Sacramento metropolitan města Rocklin, v dubnu 2003. Vysoká škola se oficiálně přestěhovala ze svého kampusu San Jose v červnu 2004. V této době byla vysoká škola přejmenována na William Jessup University. V San Jose byl zachován pobočkový kampus, který slouží především netradičním a postgraduálním studentům.
současná lokalita byla dříve továrnou na nábytek Herman Miller a mnoho budov navrhl Frank Gehry.