det politiske system var måske det mest komplekse feudale system, der nogensinde er udviklet. Det lignede Det Europæiske feudale system (pave, kejser eller konge, feudale baroner og holdere i Europa sammenlignet med kejser, shogun, daimyo og samurai holdere i Japan), men det var også meget bureaukratisk, en egenskab, der ikke var forbundet med europæisk feudalisme.
dette politiske system blev kaldt bakuhan-systemet. Baku kommer fra bakufu, som var regeringen, som Tokugas ledere brugte til at administrere deres private anliggender inden for deres eget fief. Han betyder domæne og henviser til de 250 plus domæner, der eksisterede i hele Edo-perioden. Bakuhan henviser således til sameksistensen af Tokugas regering med separate, uafhængige regeringer i hver af fiefs. Da hver daimyo var en holder af shogun, bakufu eller shogunate havde en vis magt over hele Japan. Dette var ikke et føderalt system eller endda et centraliseret hierarki af politiske myndigheder; det var snarere et system, hvor to regeringsniveauer eksisterede med en høj grad af uafhængighed.shogunatet var meget lig enhver domainal regering, idet den først var ansvarlig for administrationen af et begrænset område, fief af Tokugaas hus. Som sådan beskæftigede det sig med at kontrollere samurai-klassen, opkræve skatter (primært på landbrug), opretholde civil orden, forsvare fief, kontrollere byerne, tilskynde til handel og fremstilling, som fief krævede, begrænse uønskede typer handel og så videre. På de fleste områder var regeringsomfanget ens. Faktisk, som Edo-perioden fortsatte, kopierede de fleste domæner shogunatets system.shogunatet havde også ansvar og bekymringer, der gik ud over de almindelige domæner; shogunerne var trods alt hegemoner, der præsiderede over et helt land.regeringen alene beskæftigede sig med den kejserlige hof, den kejserlige adel og kejseren selv. Kejseren var kilden til legitimitet, da Shoguns kontor var en kejserlig udnævnelse. Desuden fokuserede konfucianismen, som var den officielle ideologi for Tokugavahuset i Edo-perioden, opmærksomheden på kejseren. Således etablerede shogunatet et monopol på adgang til den kejserlige domstol. Da perioden fortsatte, blev monopolet overtrådt, men det er i det væsentlige sandt, at Tokugavaen kontrollerede og manipulerede retten til sine egne formål.shogunatet havde næsten monopol på udenrigshandel og udenrigsanliggender. Handelsmonopolet var vigtigt, fordi der kun var betydelige overskud til rådighed for Tokugavaen. Udenrigshandel var også tilladt gennem Satsuma-domænet til Ryukyu-kongeriget og gennem Tsushima-domænet til Korea, men generelt blev diplomatiske anliggender nøje kontrolleret af Tokugua.Udenrigsrelationer var afgørende, fordi kontrollen over dem afgav en erklæring til den politiske offentlighed om, at Parlamentet havde kontrol over alle aspekter af regeringen; det var en yderligere kilde til legitimitet. I tråd med dette begrænsede shogunatet diplomatisk kontakt ved at forbyde europæere undtagen hollænderne at komme til Japan efter 1639; dette var politikken for national afsondrethed (sakoku). Men selv afsondrethed var en magtudøvelse, der imponerede observatører og tilskyndede underkastelse.
måske var shogunatets vigtigste rolle kontrol over domænerne, han. Det var netop det, der havde manglet i den krigende staters periode, centralmyndighedens evne til at håndhæve fred. I løbet af de fyrre år før Edo periode, de tre unifiers, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi og Tokugava Ieyasu, udviklet et system, som viste sig i stigende grad i stand til at sikre loyalitet og lydighed vasaller. Shogunate tog denne tidligere erfaring og finpudset det til perfektion.
elementer i dette system omfattede et politi-og spionnetværk, der rapporterede enhver mistænkelig aktivitet af samurai eller Daimyo. Daimyo var forpligtet til at rapportere eventuelle foreslåede ægteskabsalliancer mellem domæner til shogunatet til godkendelse. Kontakt mellem domæner var forbudt for at reducere mulighederne for at planlægge mod shogunatet. Antallet af slotte, deres størrelse og deres styrke var meget strengt begrænset.
shogunatet kunne straffe daimyo for overtrædelser på forskellige måder; et domæne kunne reduceres i størrelse, daimyo kunne flyttes til et helt andet domæne, eller, den ultimative sanktion, selvmord kunne kræves, måske med den ekstra straf for hans slægt reduceres i status til et ikke-Daimyo-niveau.
det vigtigste aspekt af systemet til styring af han var sankin-kotai-systemet eller systemet med alternativ bopæl i Edo. Dette voksede ud af den krigende staters periode praksis med at kræve højtstående gidsler fra vasaller eller allierede for at garantere god opførsel. Grundlæggeren af shogunatet, Ieyasu, var selv gidsel i næsten 13 år som ung dreng.det er en af de mest populære ting i verden. De etablerede regler, der specificerede for hver Daimyo en periode hvert år (eller to eller tre), hvor daimyo skal bo i Edo. Daimyos familie skulle bo i Edo, da daimyo vendte tilbage til sit domæne, så den ene stod som gidsel for den anden.ikke alene gav dette gidsler, men det lagde også en økonomisk byrde på daimyo, som drænede ressourcer, der ellers kunne være gået i militære forberedelser mod shogunatet. Daimyo måtte opretholde en stor bolig og supportfaciliteter i Edo såvel som i deres domæne. De måtte også rejse til og fra Edo langs en rute dikteret af shogunatet. De fleste rejste på Tokaido, fordi Nakasendo blev brugt af den kejserlige domstol, men den samlede byrde blev spredt mellem de to veje. Hele systemet forbrugte omkring 25% af den indkomst, der var tilgængelig for de fleste Daimyo.
shogunatet var dog kun en del af bakuhan-systemet; domænerne var de andre. Domænerne var uafhængige med hensyn til deres interne arrangementer, så længe der ikke var nogen konflikt med shogunatets interesser. I praksis duplikerede domænerne frivilligt shogunatets regeringssystem i høj grad, fordi interesserne og problemerne for en Daimyo på hans niveau lignede shogunatets: hvordan man opretholder stabilitet og orden. Desuden havde de beføjelser, som shogunatet udøvede over domænerne, den virkning at tvinge domænerne til at opføre sig på samme måde, da de stod over for de samme krav.
for eksempel opretholdt alle væsentlige domæner kommercielle operationer i Osaka, det nationale marked, for at sælge ris og andre råvarer for at skaffe de kontanter, der kræves af det alternative tilstedeværelsessystem. Denne standardisering gjorde meget for at reducere regionale forskelle og potentielle modsætninger i hele Edo-perioden.
ligesom shogunatet havde daimyo en stor interesse i at pacificere og kontrollere deres undersåtter og Samurai generelt. I slutningen af det 16.århundrede afvæbnede Toyotomi Hideyoshi bønderne gennem en række sværdjagt med det formål at reducere deres bidrag til uro og at fastgøre dem til landbrugsaktivitet alene. I årene efter 1588 blev samurai gradvist fjernet fra deres uafhængige len på landet og bragt ind i daimyos’ slotsbyer for at bo. Samuraien blev adskilt fra bønderne både i social rolle og bopæl.