Florida High School Athletic Association blev grundlagt den 9.April 1920 af en gruppe på 29 gymnasieledere, der mødtes på University of Florida campus i Gainesville. Organisationen blev grundlagt som Florida High School Athletic Association. Navnet blev ændret til Florida High School Activities Association i 1951. Navnet blev ændret tilbage til Florida High School Athletic Association i 2002.
de 29 skoler, der blev chartermedlemmer, var: Daytona Beach), DeLand, Fort Lauderdale, Fort Myers, Gainesville, Duval (Jacksonville), Osceola (Kissimmee), Columbia (Lake City), Lakeland, Leesburg, Miami, Ocala, Orlando, Putnam (Palatka), Pensacola, Plant City, Seminole (Sanford), Ketterlinus (St. Augustine), St. St. Petersborg, Leon (Tallahassee), Hillsborough (Tampa), Hardee, Vest Palm Beach og vinterhaven.
den første forfatning begrænsede medlemskab til offentlige skoler. Imidlertid blev det i 1930 ændret til også at åbne medlemskab af private og parochiale skoler.
i 1951 stemte medlemsskolerne for at ændre ordet “Atletisk” til “aktiviteter” i organisationsnavnet, så ikke-atletiske aktiviteter såsom musik-og studenterrådsprogrammer også ville modtage korrekt tilsyn på statsniveau.
foreningen blev stiftet i 1962. Mens foreningens charter aldrig specifikt havde udelukket ikke-hvid studerendes deltagelse, deltog Ingen faktisk indtil 1967, da helt sort Gibbs High School ikke kun deltog i basketball, men vandt statsmesterskabet. I 1968 blev FIAA opløst. FHSAA har aldrig omfattende indarbejdet resultaterne fra de sorte gymnasier i deres rekordbøger.
i 1996 vedtog FHSAA regler, der tillader studerende, der er indskrevet i hjemmeundervisningsprogrammer, at deltage i interskolastiske aktiviteter. Reglerne ville senere tillade fremtidige Heisman Trophy kvartback Tim Tebue at deltage i gymnasiefodbold; lignende regler, der senere blev vedtaget af andre stater, ville således blive kaldt “Tebue-reglen”.i maj 1997 anerkendte Florida-lovgiveren i lov fhsaa som det styrende organ for interskolastisk atletik i Florida, forudsat at foreningen overholder bestemmelserne i en lovgivningsmæssigt mandat omlægning af dens regeringsstruktur.navnet blev ændret tilbage til Florida High School Athletic Association i 2002. Fra August 2007 har FHSAA et medlemskab af 748 skoler.
i 2017 vedtog foreningen en pointmetode til rangordning af fodboldhold til slutspil i statsmesterskabet. Point tildeles på grundlag af gevinster, og tab, modstandere optegnelser, og tidligere playoff optegnelser.