introduktion
Kcat er omsætningstallet-antallet af substratmolekyle, som hvert sted konverterer til produkt pr. Hvis du kender koncentrationen af steder, kan du passe Kcat i stedet for Vmaks, når du analyserer et substrat vs. hastighedskurve.
modellen
Y = et*kcat* * /(Km+)
er substratkoncentrationen.
Y er en hastighed.
kcat er omsætningsnummeret, antallet af gange hvert sted konverterer substrat til produkt pr. Dette udtrykkes i det inverse af tidsenhederne for Y-aksen. For eksempel, hvis Y er i mikromoler af substrat pr.minut, så er kcat antallet af molekyler af substrat produceret pr. katalytisk sted pr. det er den substratkoncentration, der er nødvendig for at opnå en halv maksimal hastighed.
Et er koncentrationen af katalytiske steder. Hvis der er flere underenheder, skal du bemærke, at et er koncentrationen af katalytiske steder, som kan være større end koncentrationen af molekyler. De y-værdier, du indtaster, er angivet i koncentrationsenheder pr. Et skal angives i de samme koncentrationsenheder (mens tidsenhederne er defineret af kcat).det er ikke direkte vist i modellen ovenfor. Det er hastigheden af ekstrapoleret til meget høje koncentrationer af substrat, så er næsten altid højere end nogen hastighed målt i dit eksperiment. Det beregnes ved at multiplicere et gange kcat.
forholdet til Michaelis-Menten-modellen
kurven vist ovenfor er identisk med kurven defineret af Michaelis-Menten-modellen. Du får identiske kurver, når du passer enten model til dine data, og identiske værdier For Km. Michaelis-Menten-modellen finder Vmaks, som er den maksimale hastighed ekstrapoleret ud til meget høje koncentrationer af substrat. Det udtrykkes i de samme enheder, som du brugte til at indtaste dine y-værdier (f.eks. Normalt er det ligetil at udtrykke dette (eller konvertere til ) mol/minut/mg protein. Det afhænger af, hvor mange steder der er til stede (Et), og hvor hurtigt substratet kan omdannes til produkt (kcat).
Hvis du kender koncentrationen af de steder, du har tilføjet til analysen (et), kan du passe den katalytiske konstante Kcat ved hjælp af modellen ovenfor.
Ved beregning af Kcat annulleres koncentrationsenhederne, så Kcat udtrykkes i enheder med omvendt tid. Det er omsætningsnummeret-antallet af substratmolekyler, som hvert sted konverterer til produkt pr.
montering af modellen med prisme
1.Opret en datatabel. Hvis du har flere eksperimentelle forhold, skal du placere den første i kolonne A, den anden i kolonne B osv. Du kan også vælge prismes prøvedata: kinetik-Michaelis-Menten.
2.Når du har indtastet data, skal du klikke på Analyser, vælge ikke-lineær regression, vælge panelet med kinetiske ligninger og vælge Kcat.
3.Du skal begrænse Et til en konstant værdi baseret på andre eksperimenter. For at begrænse værdien af et skal du gå til fanen Begræns i den ikke-lineære regressionsdialog, sørg for, at rullemenuen ved siden af et er indstillet til “konstant lig med” og indtast værdien. For eksempeldataene skal du indtaste 100 som værdien af et.
hvis du ikke kender værdien af et, kan du ikke passe til kcat, men skal i stedet passe til Vmaks. Det er ikke muligt for prisme at passe både kcat og et, da de to parametre er sammenflettet, og en substrathastighedskurve giver ingen information om deres individuelle værdier.
4.Med prøvedataene rapporterer Prism, At Km= 5.886 med et 95% konfidensinterval fra 3.933 til 7.839. Den bedste pasningsværdi af kcat er 13,53 med et 95% konfidensinterval fra 11,97 til 15,09.
noter
•se listen over antagelser om alle analyser af kinetik.
•denne ligning passer nøjagtigt den samme kurve som ligningen, der passer til Vmaks, snarere end omsætningsnummeret Kcat. Produktet af Kcat gange Et (koncentrationen af enzymet sites) er lig Vmax.
•denne ligning er relateret til ligningen for allosteriske tegn. Den allosteriske model tilføjer en ekstra parameter: Bakkehældningen h. Når h er lig med 1,0, er de to modeller identiske.