proteinhydrolyse er en nyttig vej til isolering af individuelle aminosyrer. Eksempler inkluderer cystin fra hydrolyse af hår, tryptophan fra kasein, histidin fra røde blodlegemer og arginin fra gelatine.
almindelige hydrolyserede produkter, der anvendes i fødevarer, er hydrolyseret vegetabilsk protein og gærekstrakt, der anvendes som smagsforstærkere, fordi hydrolysen af proteinet producerer fri glutaminsyre. Nogle hydrolyserede oksekødsproteinpulver anvendes til specialiserede kostvaner.
proteinhydrolyse kan bruges til at modificere de allergifremkaldende egenskaber ved modermælkserstatning. At reducere størrelsen af komælkeproteiner i formlen gør det mere egnet til konsum af babyer, der lider af mælkeproteinintolerance. Den amerikanske FDA har godkendt en etiket til denne brug af delvist hydrolyserede proteiner i 2017, men en metaanalyse offentliggjort samme år viser utilstrækkelig dokumentation for denne anvendelse.
hydrolyseret protein anvendes også i visse specielt formulerede hypoallergeniske kæledyrsfoder, især hundefoder til hunde og hvalpe, der lider af allergier forårsaget af visse proteintyper i standard kommercielle hundefodermærker. Proteinindholdet i fødevarerne er opdelt i peptider, hvilket reducerer sandsynligheden for, at et dyrs immunsystem genkender en allergisk trussel. Hydrolyserede proteindiet til katte anbefales ofte til katte med fødevareallergi og visse typer fordøjelsesproblemer.