Rutherford giftede sig med den amerikanske bankmand Carlos Tarajano i juni 2001. Rutherford indgav en skilsmisse i januar 2002 efter seks måneders ægteskab. Brylluppet blev præsenteret kort derefter i februar 2002-udgaven af InStyle magasin.Rutherford giftede sig med sin anden mand, den tyske forretningsmand Daniel Giersch, i August 2006. Hun fødte deres første barn, søn Herm Kruts Gustaf Daniel Giersch, i oktober 2006.
mens hun var gravid med deres andet barn, indgav Rutherford skilsmisse fra Giersch den 30.December 2008. Rutherford og Giersch blev efterfølgende involveret i en tvist om forældremyndighed over deres søn og deres ufødte barn. Rutherford fødte deres andet barn, datter Helena, i juni 2009.i August 2009 nåede Rutherford og Giersch en midlertidig løsning på fælles fysisk forældremyndighed, der trådte i kraft indtil April 2010. Rutherford opnåede også en midlertidig tilbageholdelsesordre mod ham den følgende måned.
Giersch ‘ s U. S. visa blev tilbagekaldt i April 2012, efter at Rutherfords advokat informerede Udenrigsministeriet om spørgsmål vedrørende Gierschs virksomheder, hvilket fik afdelingen til at konkludere, at de havde tilstrækkelige beviser til at deportere ham.det er blevet rapporteret, at påstandene involverede svig eller en involvering i narkotika-og våbenhandel i Sydamerika, betragtet som terrorisme i henhold til Victory Act. Giersch var derfor ikke i stand til at rejse ind i USA og bosatte sig i Frankrig og Monaco. I maj 2012 rejste Rutherford og Gierschs børn til Frankrig for at tilbringe sommeren med deres far. Rutherford bad retten om at give hendes eneste forældremyndighed, så hun primært kunne holde børnene i USA efter deres besøg i Frankrig, da den eksisterende fælles forældremyndighedsaftale krævede, at hun rejste ofte for at gøre det muligt for Giersch at tilbringe tid med børnene.
i August 2012, i en bredt rapporteret beslutning, besluttede en dommer i Californiens Højesteret, at 50/50 forældremyndighed skulle forblive, og at fordi Giersch ikke er i stand til at rejse til USA, skulle børnene bo i Frankrig med ham og gå i skole der, hvor Rutherford rejste der for at besøge dem. Selvom Rutherford modsatte sig beslutningen og anmodede om udsættelse af sagen, mens hun appellerede, hendes anmodning blev afvist, og det blev fastslået, at, om to år, hans berettigelse til at komme ind i USA og den deraf følgende trivsel for børnene vil blive revurderet.
i juni 2013 indgav Rutherford konkurs og sagde, at hun havde gæld på cirka 2 millioner dollars, primært på grund af de 1,5 millioner dollars, hun brugte på advokatsalærer i forbindelse med skilsmisse og forældremyndighed med Giersch.i maj 2015 fik Rutherford midlertidig forældremyndighed over sine børn efter en afgørelse om, at både hendes søn og datter blev bragt tilbage til USA fra Monaco, hvor de havde boet hos deres far siden 2012. Den 23.juli 2015 besluttede en dommer i Californien, at Californien ikke havde jurisdiktion over Rutherfords forældremyndighed, fordi hun er bosiddende i Ny York, og hendes tidligere mand blev igen tildelt forældremyndighed.Rutherford indgav derefter en sag, men den 27.juli 2015 besluttede retten, at den heller ikke havde kompetence.i December 2015 bekræftede Monaco-domstolene, at fuld forældremyndighed forblev hos børnenes far, hvor Rutherford tildelte omfattende besøgsrettigheder i Frankrig og Monaco samt delte input vedrørende “sundhed, skolegang, religiøs uddannelse og enhver ændring af bopæl”.