hormonbehandling
vækst af penis både før fødslen og i barndommen og puberteten er stærkt påvirket af testosteron og i mindre grad væksthormonet. Senere endogene hormoner har dog hovedsageligt værdi i behandlingen af mikropenis forårsaget af hormonmangel, såsom hypopituitarisme eller hypogonadisme.
uanset årsagen til mikropenis, hvis den genkendes i barndommen, ordineres ofte et kort kursus af testosteron (normalt ikke mere end 3 måneder). Dette inducerer normalt en lille mængde vækst, hvilket bekræfter sandsynligheden for yderligere vækst i puberteten, men opnår sjældent normal størrelse. Der gives ikke yderligere testosteron i barndommen for at undgå uønsket virilisering og knoglemodning. (Der er også nogle tegn på, at for tidlig administration af testosteron kan føre til nedsat penisstørrelse hos voksne.)
testosteronbehandling genoptages kun i ungdomsårene for drenge med hypogonadisme. Penis vækst er afsluttet i slutningen af puberteten, svarende til færdiggørelsen af højde vækst, og levering af ekstra testosteron til post-pubertal voksne producerer ringe eller ingen yderligere vækst.
kirurgi
fordi hormonbehandling sjældent opnår gennemsnitlig størrelse, er flere kirurgiske teknikker, der ligner phalloplasty til penisforstørrelse, blevet udtænkt og udført; men de betragtes generelt ikke som vellykkede nok til at blive bredt vedtaget og udføres sjældent i barndommen.
i ekstreme tilfælde af mikropenis er der næppe nogen skaft, og glans ser ud til at sidde næsten på skamhuden. Fra 1960 ‘erne til slutningen af 1970’ erne var det almindeligt, at kønsfordeling og kirurgi blev anbefalet. Dette var især sandsynligt, hvis beviser antydede, at respons på yderligere testosteron og pubertal testosteron ville være dårlig. Med forældrenes accept ville drengen blive omfordelt og omdøbt til en pige, og kirurgi udført for at fjerne testiklerne og konstruere en kunstig vagina. Dette var baseret på den nu stillede ide om, at kønsidentitet udelukkende var formet af socialisering, og at en mand med en lille penis ikke kan finde noget acceptabelt sted i samfundet.Johns Hopkins Hospital, Det center, der er mest kendt for denne tilgang, udførte tolv sådanne Omfordelinger fra 1960 til 1980, især David Reimer (hvis penis blev ødelagt af en omskæringsulykke), overvåget af John Money. I midten af 1990 ‘ erne blev omfordeling mindre ofte tilbudt, og alle tre lokaler var blevet udfordret. Tidligere emner af en sådan operation, vokal om deres utilfredshed med det voksne resultat, spillede en stor rolle i at afskrække denne praksis. Seksuel omplacering udføres sjældent i dag for svær mikropenis (selvom spørgsmålet om at opdrage drengen som pige undertiden stadig diskuteres.) (Se “historie om interseksuel kirurgi” for en fyldigere diskussion.)