i September 2017 blev Khan beskyldt for upassende onlineinteraktioner med adskillige kvinder, som rapporteret i en artikel i den nationale avis. Disse beskyldninger blev gentaget i internationale aviser; Khan svarede, at de lækkede tekstsamtaler var “mellem samtykkende voksne”, og at kvinderne var ægteskabsudsigter og bemærkede, at han var blevet skilt i to år. I December 2017 offentliggjorde en artikel om, hvad den kaldte Khans “åndelige misbrug” – aktiviteter, idet han hævdede, at han uden held havde advokater, der bad fire medpræster om ikke at frigive en fælles erklæring, der henviser til “hemmelige falske ægteskaber”. En artikel i The Atlantic bemærkede noget tilbageslag mod kvinder, der havde beskyldt Khan for forseelse.
i Oktober 2017 udsendte et udvalg bestående af forskellige islamiske lærde og samfundsledere, herunder dem, der har haft lederstillinger i Islamic Society of North America, rådgivere og fagfolk inden for mental sundhed, en erklæring efter at have foretaget deres egen undersøgelse af sagen. Blandt panelerne var Aisha al-Adaviya, Salma Abugideiri, Tamara Gray, Altaf Husain, Mohamed Magid og Ingrid Mattson. Udvalget sagde, “det er med tunge hjerter, at vi bekræfter, at Br. Nouman har begået betydelige krænkelser af tillid, åndeligt misbrug og uetisk adfærd.”Udvalget anbefalede, at Khan” står over for konsekvenserne af hans handlinger, og … tag en pause fra det offentlige liv for at få rådgivning og engagere sig i forsoningshandlinger.”