protein capsid giver det andet hovedkriterium for klassificering af vira. Kapsidet omgiver virussen og er sammensat af et begrænset antal proteinunderenheder kendt som capsomerer, som normalt forbinder med eller findes tæt på virion-nukleinsyren.
der er to hovedklasser af vira baseret på proteinkapslen: (1) dem, hvor et enkelt (eller segmenteret) lineært nukleinsyremolekyle med to frie ender i det væsentlige er fuldstændigt forlænget eller noget oprullet (en spiral) og (2) dem, hvor nukleinsyren, som måske eller måske ikke er en kovalent lukket cirkel, vikles tæt ind i en kondenseret konfiguration, som en garnkugle. Disse to klasser af virus antager i det første tilfælde en lang, udvidet stanglignende struktur og i det andet tilfælde en symmetrisk polygon.langt det bedst studerede eksempel på en spiralformet stavformet virus er tobaksmosaikvirus, som blev krystalliseret af Stanley i 1935. Tobaksmosaikviruset indeholder et genom af enkeltstrenget RNA indkapslet af 2.130 molekyler af et enkelt protein; der er 161/3 proteinmolekyler for hver drejning af RNA-spiralen i forholdet mellem tre nukleotider for hvert proteinmolekyle.
under de rette miljøforhold vil viral RNA og proteinmolekyler i flydende suspension samle sig til en perfekt dannet og fuldt infektiøs virus. Længden af den spiralformede viruskapsid bestemmes af længden af nukleinsyremolekylet, som er rammen for samlingen af kapsidproteinet. De forskellige spiralformede vira har forskellige længder og bredder afhængigt af størrelsen på nukleinsyren såvel som på proteinmolekylets masse og form. Nogle af disse spiralformede vira danner stive stænger, mens andre danner fleksible stænger afhængigt af egenskaberne af de samlede proteiner.
polygonale vira varierer meget i størrelse, fra 20 til 150 nm i diameter, i det væsentlige proportional med størrelsen af nukleinsyremolekylet oprullet inde i virionen. De fleste, hvis ikke alle, af de polygonale vira er icosahedral; som en geodesisk kuppel dannes de af ligesidede trekanter, i dette tilfælde 20. Hver trekant er sammensat af proteinunderenheder (capsomerer), ofte i form af sekskanter (multipla af seks), der er byggestenene i kapsidet. Der er 12 hjørner (de apikale kryds af disse 20 trekanter), der hver omfatter en penton (fem underenheder). Disse icosahedral virioner har tre akser på fem gange, tredobbelt og dobbelt rotationssymmetri. Antallet af capsomerer er et grundlag for taksonomisk klassificering af disse virusfamilier. Visse icosahedral-vira, normalt dem, der er mere komplekse, indeholder interne proteiner, der klæber til nukleinsyren, som ikke er tilgængelige på overfladen af virionerne.
