Dieser in der unteren Hälfte des Mekong endemische Wels ist aufgrund der Überfischung sowie der Abnahme der Wasserqualität aufgrund der Entwicklung und der Stauung vor dem Fluss vom Aussterben bedroht. Eine Studie aus dem Jahr 2018 legt nahe, dass die Mekong-Bestände aufgrund von Staudammprojekten um bis zu 40% sinken könnten. Die aktuelle Rote Liste der IUCN für Fische stuft die Art als vom Aussterben bedroht ein; Die Zahl der in freier Wildbahn lebenden Tiere ist unbekannt, aber Fangdaten zeigen, dass die Population in den letzten 14 Jahren um 80 Prozent gesunken ist. Es ist auch in Anhang I des CITES aufgeführt und verbietet den internationalen Handel mit wild gefangenen Exemplaren.In The Anthropologists’Cookbook (1977) bemerkte Jessica Kuper die Bedeutung des Pa Beuk für das laotische Volk und bemerkte: „In früheren Zeiten war dieser riesige Fisch, der nur im Mekong zu finden ist, ziemlich reichlich, aber in den letzten Jahren ist die Zahl der jährlich genommenen Fische auf vierzig, dreißig oder zwanzig und vielleicht 1976 sogar noch weniger zurückgegangen. Dies ist traurig, da es sich um einen edlen und mysteriösen Fisch handelt, der von den Laoten verehrt wird.“ Im Jahr 2000 schleppten Fischer 11 Riesenwels aus. Im Jahr 2001 erwischten sie sieben. 2002 waren es nur fünf.
Das Fischen auf den Mekong-Riesenwels ist in freier Wildbahn in Thailand, Laos und Kambodscha illegal, aber die Verbote scheinen unwirksam zu sein und die Fische werden weiterhin in allen drei Ländern gefangen. In Anerkennung der Bedrohung der Art stimmten jedoch fast 60 thailändische Fischer im Juni 2006 zu, den Fang des vom Aussterben bedrohten Welses einzustellen, um den 60. Thailand ist das einzige Land, in dem private Bestände an Mekong-Riesenwels gefangen werden dürfen. Dies hilft, die Art zu retten, da Seen die kleinen Fische aus dem staatlichen Zuchtprogramm kaufen und zusätzliches Einkommen generieren, das es dem Zuchtprogramm ermöglicht, zu funktionieren. Angelseen, wie Bueng Samran (บึグสำราญ) in Bangkok, haben die Arten bis zu 140 kg (310 lb). Die am häufigsten gelandete Größe ist 18 kg (40 lb), obwohl einige Unternehmen auf die Landung der größeren Fische spezialisiert sind.
Die Art muss 50-70 kg (110-150 lb) erreichen, um zu züchten, und sie brütet nicht in Seen. Das thailändische Fischereiministerium hat ein Zuchtprogramm zur Wiederauffüllung des Mekong eingeleitet. Von 2000 bis 2003 wurden etwa 10.000 in Gefangenschaft gezüchtete Exemplare von den thailändischen Behörden freigelassen. Exemplare werden eher in Stauseen als in den Mekong selbst freigesetzt.
Der Mekong-Riesenwels wird als zeitgenössisches Beispiel für Überernte beschrieben. Jedes Jahr werden in Kambodscha Millionen Tonnen Fisch geerntet, wobei Laichfische übererntet werden. Die durch Dämme verursachte Fragmentierung stellt zunehmend eine Bedrohung für Larvenfische dar. Die Trends bei der Wassernutzung, der Energieerzeugung, dem Verbrauch und der damit verbundenen Umweltzerstörung werden in Südostasien voraussichtlich weiter zunehmen. Der Mekong-Riesenwels ist weit wandernd und benötigt große Flussabschnitte für saisonale Reisen und spezifische Umweltbedingungen in seinen Laich- und Brutgebieten.Der World Wide Fund for Nature (WWF) arbeitet mit anderen Organisationen zusammen, darunter der Mekong River Commission und der Asian Development Bank, um sicherzustellen, dass ökologische und soziale Auswirkungen bei der Entwicklung von Wasserkraftinfrastrukturen berücksichtigt werden. Es führt auch Projekte durch, die sich der Erhaltung, Forschung, Überwachung und Sensibilisierung des Mekong-Riesenwels widmen.