endeemisenä Mekong-joen alajuoksulla tämä monni on vaarassa kuolla sukupuuttoon liikakalastuksen vuoksi sekä veden laadun heikkenemisen vuoksi kehityksen ja yläjuoksun patoamisen vuoksi. Vuonna 2018 julkaistun tutkimuksen mukaan Mekongin kannat voivat laskea jopa 40 prosenttia patohankkeiden seurauksena. IUCN: n nykyisessä kalaluettelossa laji luokitellaan äärimmäisen uhanalaiseksi; luonnossa elävien määrää ei tiedetä, mutta saalistietojen mukaan kanta on pienentynyt 80 prosenttia viimeisen 14 vuoden aikana. Se sisältyy myös CITES-sopimuksen liitteeseen I, jossa kielletään luonnonvaraisina pyydettyjen yksilöiden kansainvälinen kauppa.
antropologien keittokirjassa (1977) Jessica Kuper pani merkille pa beukin merkityksen Laolaisille ja huomautti: ”menneinä aikoina tämä valtava kala, jota tavataan vain Mekongissa, oli melko runsasta, mutta viime vuosina vuotuinen määrä on vähentynyt neljäänkymmeneen, kolmeenkymmeneen tai kahteenkymmeneen, ja ehkä vuonna 1976 vielä vähemmän. Tämä on surullista, sillä se on jalo ja salaperäinen kala, jota Lao kunnioittaa.”Vuonna 2000 kalastajat pyysivät 11 jättiläismonnia. Vuonna 2001 heitä jäi kiinni seitsemän. Vuonna 2002 heitä jäi kiinni vain viisi.
Mekong-jättiläismonnin kalastus on laitonta luonnossa Thaimaassa, Laosissa ja Kambodžassa, mutta kiellot vaikuttavat tehottomilta ja kalaa pyydetään edelleen kaikissa kolmessa maassa. Lähes 60 thaimaalaista kalastajaa suostui kuitenkin lopettamaan uhanalaisen Monnin pyynnin kesäkuussa 2006, jolloin Bhumibol Adulyadejin noususta Thaimaan valtaistuimelle tuli kuluneeksi 60 vuotta. Thaimaa on ainoa maa, jossa sallitaan Mekong-jättiläismonnin yksityisten kantojen kalastus. Tämä auttaa lajin pelastamisessa, sillä järvet ostavat pienpoikasia valtion jalostusohjelmasta, mikä tuo lisätuloja, joiden avulla jalostusohjelma voi toimia. Kalajärvillä, kuten Bangkokissa sijaitsevassa Bueng Samranissa (งาางร) lajia on jopa 140 kg (310 lb). Yleisin puretun kalan koko on 18 kg (40 lb), joskin jotkin yritykset ovat erikoistuneet isompien kalojen purkamiseen.
lajin täytyy saavuttaa 50-70 kg (110-150 lb) lisääntyäkseen, eikä se pesiydy järvissä. Thaimaan Kalastusministeriö on käynnistänyt jalostusohjelman Mekong-joen elvyttämiseksi. Thaimaan viranomaiset vapauttivat vuosina 2000-2003 noin 10 000 vankeudessa kasvatettua yksilöä. Näytteet vapautuvat altaisiin itse Mekong-joen sijaan.
Mekongin jättiläismonnia on kuvattu aikalaisesimerkiksi yliharvennuksesta. Kambodžassa kerätään vuosittain miljoonia tonneja kalaa, ja kutukaloja kerätään liikaa. Patojen aiheuttama pirstoutuminen aiheuttaa yhä enemmän uhkia toukkakaloille. Vedenkäytön, energiantuotannon, kulutuksen ja niihin liittyvän ympäristön pilaantumisen ennustetaan jatkavan kasvuaan Kaakkois-Aasiassa. Mekonginjättiläismonnit ovat laajasti vaeltavia, ja ne vaativat suuria jokiosuuksia kausimatkoillaan ja erityisiä ympäristöolosuhteita kutu-ja lisääntymisalueillaan.
World Wide Fund For Nature (WWF) toimii yhteistyössä muiden järjestöjen, kuten Mekong River Commissionin ja Aasian kehityspankin kanssa, jonka tavoitteena on varmistaa, että ympäristö-ja sosiaaliset vaikutukset otetaan huomioon vesivoimainfrastruktuurien kehittämisessä. Se toteuttaa myös Mekong-jättiläismonnin suojeluun, tutkimukseen, seurantaan ja tietoisuuden lisäämiseen tähtääviä hankkeita.