a fehérje hidrolízise hasznos út az egyes aminosavak izolálásához. Ilyenek például a haj hidrolíziséből származó cisztin, a kazeinből származó triptofán, a vörösvértestekből származó hisztidin, a zselatinból származó arginin.
az élelmiszerekben használt gyakori hidrolizált termékek a hidrolizált növényi fehérje és az élesztőkivonat, amelyeket ízfokozóként használnak, mivel a fehérje hidrolízise szabad glutaminsavat eredményez. Néhány hidrolizált marhahús fehérjeport speciális étrendekhez használnak.
a Fehérjehidrolízis felhasználható az anyatej-helyettesítő tápszerek allergén tulajdonságainak módosítására. A tehéntejfehérjék méretének csökkentése a képletben alkalmasabbá teszi a tejfehérje-intoleranciában szenvedő csecsemők fogyasztását. Az amerikai FDA 2017-ben jóváhagyta a részlegesen hidrolizált fehérjék ilyen használatának címkéjét, de az ugyanabban az évben közzétett metaanalízis elégtelen bizonyítékot mutat erre a felhasználásra.
a hidrolizált fehérjét bizonyos speciálisan kialakított hipoallergén állateledelekben is használják, nevezetesen a kutyák és kölyökkutyák számára készült kutyaeledelekben, amelyek bizonyos fehérjetípusok által okozott allergiában szenvednek a szokásos kereskedelmi kutyaeledel márkákban. Az élelmiszerek fehérjetartalma peptidekre oszlik, ami csökkenti annak valószínűségét, hogy az állat immunrendszere felismerje az allergiás fenyegetést. A hidrolizált fehérjetartalmú étrend macskáknak gyakran ajánlott ételallergiás macskáknak és bizonyos típusú emésztési problémáknak.