leginkább jótékonysági munkáiról ismert, miután apja 1901-ben megalapította a Rockefeller egyetemet (akkor még Rockefeller Orvosi Kutatóintézet néven ismert), 1913-ban pedig a Rockefeller alapítványt, nem utolsósorban az ő kezdeményezésére. Támogatta a gyarmati Williamsburg helyreállítását Virginiában, és 8,5 millió dollárt adományozott az ENSZ-nek, hogy megvásárolja a földet New York-i központjuk számára.
Az ökumenikus mozgalom meggyőző képviselőjeként egész életében jelentős összegeket adományozott protestáns és Baptista intézményeknek, többek között az egyházak Szövetségi Tanácsának, az Union teológiai szemináriumnak, az Isteni Szent János székesegyháznak és a Riverside egyháznak.
1924-ben Rockefellert külföldi tagként felvették az Academmie des Beaux-Arts-ba. 1931 óta az Amerikai Filozófiai Társaság választott tagja.erősen érdeklődött a természetvédelem iránt, és földet vásárolt több amerikai Nemzeti Parknak, köztük a Grand Teton Nemzeti Parknak, az Acadia Nemzeti Parknak, A Great Smoky Mountains Nemzeti Parknak, a Yosemite Nemzeti Parknak és a Shenandoah Nemzeti Parknak. 1972-ben posztumusz kitüntetést kapott a John D. Rockefeller Jr. Emlékpark a Grand Teton Nemzeti Park és a Yellowstone Nemzeti Park között. A Rockefeller-hegység és az antarktiszi Rockefeller-fennsík is az ő nevét viseli.