Jackson 1991-ben kis szerepet játszott a görbe szívek című filmben. A következő évben Charlie szerepét játszotta a Willie Wonka and The Chocolate Factory zenei változatában. Ezen a ponton a darab casting rendezője, Laura Kennedy segítségével csatlakozott a William Morris Ügynökséghez. Nem sokkal később Charlie (#96) szerepét kapta a Mighty Ducks sorozatban, egy fiatal és törekvő jégkorongozót játszva.Joshua Jackson Pacey Witter-ként lépett fel a Dawson ‘ s Creek-ben, amelyet Kevin Williamson hozott létre, és 1998 és 2003 között a WB network-en futott, valamint James Van Der Beek, Michelle Williams és Katie Holmes főszereplésével. Míg a sorozat szünetelt, számos filmben szerepelt, köztük a kegyetlen szándékok (a Les Liaisons dangereuses New York-i yuppie-adaptációja, amelyben Sarah Michelle Gellar és Ryan Phillippe is szerepelt), a koponyák, a tárgyak biztonsága, a Laramie projekt és egy rövid cameo az Ocean ‘ s Eleven remake-jében, amelyben többek között Brad Pitt, George Clooney és Holly Marie Combs pókeres jelenetében jelenik meg. 2000-ben vendégszerepelt a The Simpsons 12.évadjában is, hangot adva Jesse Grass karakterének, aki “hunky környezetvédő”, valamint Lisa Simpson iránti szerelmi érdeklődés a “Lisa The Tree Hugger”epizódban. 2000-ben “Beau” – ként szerepelt a Gossip című filmben James Marsden, Kate Hudson és Norman Reedus színészekkel.
nem sokkal a Dawson ‘ s Creek 2003-as befejezése után Jackson játszotta a főszerepet olyan filmekben, mint Dennis Hopper (Americano), Harvey Keitel (Árnyak a Napban) és Donald Sutherland (Aurora Borealis). 2005-ben Jackson az Egyesült Királyságba költözött, és a londoni West Endben debütált Patrick Stewart-tal David Mamet kétfős darabjában, az élet a színházban. A darab kritikus és népszerű siker volt, és az év februárjától áprilisig tartott. Jackson azt mondta, hogy fontolóra veszi a színpadra való visszatérést, hogy kipróbálja a kezét a Broadway-n. Következő filmszerepe ben volt Bobby, rendezte Emilio Estevez, Jackson társszereplője A Mighty Ducks-ból. Vezető szerepet játszott a Shutterben, az azonos nevű Thai horrorfilm amerikai feldolgozásában. Ő játszotta, mint executive producer a kanadai független film egy hét, amely megnyitotta március 6-án, 2009.2008 és 2013 között Jackson játszotta Peter Bishop főszerepét a Fringe című sci-fi sorozatban, melyet JJ Abrams, Roberto Orci és Alex Kurtzman készített. A sorozat A Fox TV network-en jelent meg, és a 2008-2009-es évad második legjobban értékelt új műsora volt a CBS The Mentalist után. A BuddyTV a 9.helyet foglalta el a “TV 100 legszexisebb férfi 2010-ben” listáján, a 19. helyet 2011-ben és a 14. helyet 2012-ben.
Jacksont jelölték Genie-díj a legjobb teljesítményért egy színész által a film főszerepében egy hét. Ő nyerte el a díjat április 12, 2010. 2010-ben a szatirikus Pacey-Con házigazdája volt, közvetlenül az utca túloldalán a San Diego Comic-Con-tól, bowling inget sportolt, és rajongói fikciót adott ki, amelyet Dawson Creek rajongói írtak, azoknak, akik a Comic-Con bejárati sorában várnak. Az esemény felvételeit egy Pacey-Con című videóhoz rögzítették, amelyet Will Ferrell vicces vagy Die celebrity humor weboldalához forgatott. 2013-ban Jackson szerepelt az IFC Inescapable című filmjében Marisa Tomei és Alexander Siddig társaságában. Jackson írta az első történetet a “Beyond the Fringe”című képregénytrilógiából,” Peter and the Machine ” címmel. Jackson szerepelt a sikeres Showtime televíziós műsorban, az ügy, ahol Cole Lockhartot, a hűtlen Alison Lockhart főhős férjét játszotta.
2018 márciusában Jackson debütált a Broadway-n, egy kisebb Isten gyermekei, ahol James Leeds-t, a siketek iskolájának nem szokványos tanárát alakította, aki ellentmondásos szakmai és romantikus kapcsolatba kerül egy volt siket hallgatóval, Sarah Norman (Lauren Ridloff). A játék 2018 májusáig tartott.
2019-ben Jackson védőügyvédként játszott Mickey Joseph ban, – ben Netflix dráma minisorozat amikor meglátnak minket.2020-ban Jackson együtt játszott Reese Witherspoonnal és Kerry Washingtonnal Hulu kis tüzek mindenhol című minisorozatában Celeste ng regénye alapján.
Jackson szerepelt a címszerepben Dr. Halál, az azonos nevű podcast alapján.