Az N-ben a játékos irányít egy nindzsát, aki a csempealapú szinteken navigál, miközben elkerüli a veszélyeket, aranyat gyűjt, és végül megnyit egy kijárati ajtót, amely befejezi a szintet. A játékmenet négy billentyűt tartalmaz-egy move-bal billentyűt (alapértelmezett bal nyíl), egy move-right billentyűt (alapértelmezett jobb nyíl), jumpingot (alapértelmezett shift billentyű, bár a z billentyű gyakori alternatíva) és öngyilkosságot (alapértelmezett k billentyű). A különböző típusú terepen történő mozgás és ugrás kombinációi lehetővé teszik a ninja számára, hogy különféle mozgásokat hajtson végre, például falról falra ugorva, függőleges lejtőkön felmászva és meredek felületeken csúsztatva.
Az N 1.4-es verziója 100 epizódot tartalmaz (00-tól 99-ig számozva), míg a 2.0-s verzió 120 epizódot tartalmaz (mivel két bónuszoszlop feloldható a fő játék epizódok befejezése után). A játék minden iterációjában minden epizód öt szintet tartalmaz (0-tól 4-ig számozva). N támogatja a felhasználó által készített szinteket is. Ez egy Ned nevű beépített szintű szerkesztőn vagy az “N szerkesztőn”keresztül történik. A szintek hozzáadhatók a játékhoz a játékot kísérő szöveges fájl módosításával, amely felhasználói szintű adatokat tartalmaz.
N 1.4 összesen 500 térképpel rendelkezik, amelyek közül 450 a Metanet szoftver által készült; a 2.0 600 szintet tartalmaz, amelyek közül 500 a Metanet szoftver által készült. A fennmaradó 50 szint az 1.4-ben a fent említett felhasználói szintek, amelyeket a Metanet kézzel választott ki 2005-ben, míg a fennmaradó 100 szint a 2.0-ban a felhasználók által készített szintek voltak, amelyeket egy rajongói testület választott ki 2012 végén, és amelyeket a Metanet szoftver 2013-ban véglegesített. (A válogatott mögött álló csapatot a játék kreditjeiben a megfelelő álnevek alatt sorolták fel.) A cél minden szinten, hogy aktiválja a kapcsolót, és kilép az ajtón, hogy megnyitja a határidőn belül. Egyes szintek egynél több kijárattal és kapcsolódó kapcsolóval rendelkeznek, így a játékos nagyobb szabadságot kap a térkép kitöltésének útvonaláról és módjáról. Minden epizód kumulatív határidőt kap. A 0. szint elején a játékos 90 másodpercet kap a következő öt szint teljesítéséhez. Az epizód időkorlát növelhető arany gyűjtésével, amely darabonként két másodpercet ad hozzá. Az idő maradt a végén minden szinten átviszi a következő szintre. Az egyetlen kivétel a végső szint, amelyben a hátralévő idő az epizód pontszámává válik.