A Tokugawa politikai rendszer talán a valaha kifejlesztett legösszetettebb feudális rendszer volt. Hasonló volt az Európai feudális rendszerhez (pápa, császár vagy király, feudális bárók és csatlósok Európában a császárhoz, a sógunhoz, a daimjókhoz és a szamuráj csatlósokhoz képest Japánban), de nagyon bürokratikus volt, olyan tulajdonság, amely nem kapcsolódik az Európai feudalizmushoz.
ezt a politikai rendszert bakuhan rendszernek hívták. Baku bakufuból származik, amely a kormány volt, amelyet a Tokugawa vezetői magánügyeik kezelésére használtak saját hűbérükön belül. A Han a domaint jelenti, és a 250 plusz domainre utal, amelyek az Edo időszak alatt léteztek. Így bakuhan a Tokugawa-kormány különálló, független kormányokkal való együttélésére utal az egyes hűbérekben. Mivel minden daimyo a sógun megtartója volt, a bakufunak vagy a sógunátusnak volt némi hatalma egész Japánban. Ez nem volt szövetségi rendszer vagy akár a politikai hatóságok központosított hierarchiája; inkább egy olyan rendszer volt, amelyben két kormányzati szint létezett, nagyfokú függetlenséggel.
A Tokugawa sógunátus nagyon hasonlított minden domainális kormányhoz, mivel először egy korlátozott terület, A Tokugawa-ház hűbérbirtokának igazgatásáért volt felelős. Mint ilyen, a szamuráj osztály irányításával, az adók beszedésével (elsősorban a mezőgazdasággal), a polgári rend fenntartásával, a hűbérbirtok védelmével, a városok ellenőrzésével, a hűbérbirtok által megkövetelt kereskedelem és gyártás ösztönzésével, a nem kívánatos kereskedelmi típusok korlátozásával és így tovább. A legtöbb területen a kormány hatóköre hasonló volt. Valójában, ahogy az Edo-korszak folytatódott, a legtöbb tartomány lemásolta a sógunátus rendszerét.
a Tokugava sógunátusnak olyan feladatai és gondjai is voltak, amelyek túlmutattak a hétköznapi tartományok felelősségén; a Tokugava sógunok végül is hegemonok voltak, akik egy egész ország felett elnököltek.
a Tokugava kormány egyedül foglalkozott a császári udvarral, a császári nemességgel és magával a császárral. A császár volt a legitimitás forrása, mivel a sógun hivatala császári kinevezés volt. Ezenkívül a Konfucianizmus, amely a Tokugawa-Ház hivatalos ideológiája volt az Edo-időszakban, a császárra irányította a figyelmet. Így a Tokugawa sógunátus monopóliumot hozott létre a császári udvarhoz való hozzáférés terén. Az időszak előrehaladtával a monopóliumot megsértették, de lényegében igaz, hogy a Tokugawa saját céljaira irányította és manipulálta a bíróságot.
a sógunátus közel monopóliummal rendelkezett a külkereskedelem és a külügyek felett. A kereskedelmi monopólium azért volt fontos,mert csak a Tokugawa számára volt jelentős nyereség. A külkereskedelmet Satsuma tartományon keresztül a Ryukyu királyságig (Okinawa) és Tsushima tartományon keresztül Koreáig is engedélyezték, de általában a diplomáciai ügyeket a Tokugawa szorosan ellenőrizte.
a Külkapcsolatok létfontosságúak voltak, mivel ezek ellenőrzése nyilatkozatot tett a politikai nyilvánosság számára arról, hogy a Tokugawa-ház irányítja a kormány minden aspektusát; ez a legitimitás további forrása volt. Ennek megfelelően a Tokugawa sógunátus korlátozta a diplomáciai kapcsolatot azzal, hogy megtiltotta az európaiaknak, kivéve a hollandokat, hogy 1639 után Japánba jöjjenek; ez volt a nemzeti elszigeteltség politikája (sakoku). De még az elzárkózás is olyan hatalomgyakorlás volt, amely lenyűgözte a megfigyelőket és bátorította a behódolást.
a sógunátus talán legfontosabb szerepe a tartományok, a han ellenőrzése volt. Pontosan ez hiányzott a hadviselő államok időszakában, a központi hatalom képessége a béke érvényesítésére. Az Edo-korszak előtti negyven évben a három egyesítő, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi és Tokugawa Ieyasu olyan rendszert alakított ki, amely egyre inkább képes volt biztosítani a hűséget és engedelmességet a vazallusok számára. A Tokugava sógunátus ezt a korábbi tapasztalatot tökéletesre csiszolta.
a rendszer elemei közé tartozott egy rendőrségi és kémhálózat, amely szamuráj vagy daimyo gyanús tevékenységeit jelentette. A Daimyo – nak jóváhagyásra be kellett jelentenie a domainek közötti házassági szövetségeket a sógunátusnak. Tilos volt a domainek közötti kapcsolattartás a sógunátus elleni összeesküvés lehetőségeinek csökkentése érdekében. A várak száma, mérete és ereje nagyon szigorúan korlátozott volt.
a sógunátus különféle módon büntetheti a daimyót a vétkekért; a domain mérete csökkenthető, a daimyo áthelyezhető egy teljesen más domainre, vagy a végső szankció az öngyilkosság követelhető, talán azzal, hogy származásának további büntetését státusza nem daimyo szintre redukálja.
a han ellenőrzési rendszerének legfontosabb szempontja a sankin-kotai rendszer volt, vagy az Edo-i alternatív tartózkodási rendszer. Ez abból a harcoló Államok időszaki gyakorlatából nőtt ki, hogy magas rangú túszokat követeltek vazallusoktól vagy szövetségesektől a jó viselkedés garantálása érdekében. A sógunátus alapítója, Tokugawa Ieyasu, fiatal fiúként közel 13 évig volt túsz.
A Tokugawa azonban hivatalossá tette a túszok tartását. Olyan szabályokat állapítottak meg, amelyek minden daimyo számára minden évben (vagy két vagy három) meghatározott időtartamot határoztak meg, amely alatt a daimyo-nak Edóban kell élnie. A daimyo családjának Edóban kell élnie, amikor a daimyo visszatért a tartományába, így az egyik túszul állt a másikért.
ez nemcsak túszokat biztosított, hanem gazdasági terhet is rótt a daimjókra, amelyek kimerítették azokat az erőforrásokat, amelyek egyébként a sógunátus elleni katonai előkészületekbe kerülhettek volna. A daimjóknak nagy lakóhelyet és támogató létesítményeket kellett fenntartaniuk Edóban, valamint a tartományukban. Edóba is el kellett utazniuk a sógunátus által diktált útvonalon. A legtöbben a Tokaidón utaztak, mert a Nakasendo-t a császári udvar használta, de az általános teher a két út között oszlott meg. Az egész rendszer a legtöbb daimyo számára elérhető jövedelem mintegy 25% – át fogyasztotta.
a sógunátus azonban csak egy része volt a bakuhan rendszernek; a tartományok voltak a másik. A tartományok függetlenek voltak belső elrendezésük szempontjából, mindaddig, amíg nem volt konfliktus a sógunátus érdekeivel. A gyakorlatban a tartományok nagy mértékben önként lemásolták a sógunátus kormányzati rendszerét, mert egy daimjó érdekei és problémái az ő szintjén hasonlóak voltak a sógunátuséhoz: hogyan lehet fenntartani a stabilitást és a rendet. Ezenkívül azok a hatalmak, amelyeket a sógunátus gyakorolt a tartományok felett, arra kényszerítették a tartományokat, hogy nagyjából azonos módon viselkedjenek, mivel ugyanazokkal a követelményekkel szembesültek.
például minden jelentős terület kereskedelmi tevékenységet folytatott Oszakában, a nemzeti piacon, rizs és egyéb áruk értékesítése érdekében, hogy összegyűjtse az alternatív jelenléti rendszer által igényelt készpénzt. Ez a szabványosítás sokat tett a regionális különbségek és a lehetséges ellentétek csökkentéséért az Edo-időszakban.
a sógunátushoz hasonlóan a daimjóknak is nagy érdekük volt az alattvalóik és általában a szamurájok megbékítése és ellenőrzése. A 16. század végén Toyotomi Hideyoshi egy sor kardvadászattal lefegyverezte a parasztokat azzal a szándékkal, hogy csökkentsék a zűrzavarhoz való hozzájárulásukat, és egyedül a mezőgazdasági tevékenységhez kössék őket. Az 1588 utáni években a szamurájokat fokozatosan eltávolították a vidéki független hűbérektől, és a daimyók várvárosaiba vitték, hogy éljenek. A szamurájok mind társadalmi szerepükben, mind lakóhelyükben elkülönültek a parasztságtól.