az egyetemet San Jose Bible College néven alapították 1939-ben, San Jose-ban William Jessup, az iskola első elnöke. Eugene Claremont Sanderson eredetileg 1934-ben alapította az Evangel Bible University nevű iskolát San Jose-ban, de nem tudta életképessé tenni. Ennek eredményeként toborzott William Jessup, az egyik volt tanítványa, hogy átvegye. 1951-re, az iskola bővülésével és a San José-i Állami Egyetem az utca túloldalán behatolva, a San Jose Bible College a Coyote Creek, a 12.utca és közel 30 évvel később az I-280 által határolt parcellába költözött. Spanyol stílusú tantermi épületek és számos kollégiumi épület alkotja a kis Campust.
William Jessup 1960-ban nyugdíjba vonult, utódja Alvan L. Tiffin volt. Később Woodrow Phillips, egy öregdiák, 1968-tól 1979-ig, Chuck Boatman pedig 1979-től 1984-ig volt elnök. Dr. Bryce Jessup, a Pepperdine Egyetem öregdiákja és az eredeti elnök fia 1984-2010 között volt elnök, amikor nyugdíjba vonult. 2011 márciusában Dr. John Jacksont választották hatodik elnöknek.
1989-ben az iskola átnevezték San Jose Christian College és regionálisan által akkreditált WASC 2002-ben. Mivel az adminisztráció nem talált új helyet a Santa Clara-völgyben, úgy döntöttek, hogy 2003 áprilisában a Sacramento metropolitan city-be költöznek Rocklin. A Főiskola 2004 júniusában hivatalosan elköltözött San Jose campusáról. Ekkor a főiskolát átnevezték William Jessup Egyetem. San Jose-ban megtartották a fióktelepet, amely elsősorban nem hagyományos és végzős hallgatókat szolgál ki.
a jelenlegi hely korábban Herman Miller bútorgyár volt, és sok épületet Frank Gehry tervezett.