I cifrari utilizzati nei crittogrammi non sono stati originariamente creati per scopi di intrattenimento, ma per la crittografia reale di segreti militari o personali.
Il primo uso del crittogramma per scopi di intrattenimento avvenne durante il Medioevo da parte di monaci che avevano tempo libero per i giochi intellettuali. Un manoscritto trovato a Bamberg afferma che i visitatori irlandesi alla corte di Merfyn Frych ap Gwriad (morto 844), re del Gwynedd in Galles hanno ricevuto un crittogramma che potrebbe essere risolto solo trasponendo le lettere dal latino in greco. Intorno al XIII secolo, il monaco inglese Roger Bacon ha scritto un libro in cui ha elencato sette metodi di cifratura, e ha dichiarato che ” un uomo è pazzo che scrive un segreto in qualsiasi altro modo che uno che nasconderlo dal volgare.”Nel 19 ° secolo Edgar Allan Poe ha contribuito a diffondere i crittogrammi con molti articoli di giornali e riviste.
Esempi ben noti di crittogrammi nella cultura contemporanea sono il giornale sindacato puzzle Cryptoquip e Cryptoquote, da King Features.
In una sfida pubblica, lo scrittore J. M. Appel ha annunciato il 28 settembre 2014, che anche la pagina del sommario della sua raccolta di racconti, Scouting for the Reaper, è raddoppiata come crittogramma, e ha promesso un premio per il primo a risolverlo.