In N, il giocatore controlla un ninja che naviga livelli tile-based, evitando contemporaneamente i pericoli, la raccolta di oro, e, infine, l’apertura di una porta di uscita che completa il livello. Il gameplay prevede quattro tasti: un tasto sposta-sinistra (freccia sinistra predefinita), un tasto sposta-destra (freccia destra predefinita), salto (tasto maiusc predefinito, anche se il tasto z è un’alternativa comune) e suicidio (tasto k predefinito). Combinazioni di muoversi e saltare su vari tipi di terreno permettono al ninja di eseguire una varietà di movimenti, come saltare da una parete all’altra, arrampicarsi su pendenze verticali e scivolare su superfici ripide.
La versione 1.4 di N contiene 100 episodi (numerati da 00 a 99), mentre la versione 2.0 contiene 120 episodi (a causa di due colonne bonus sbloccabili dopo il completamento degli episodi principali del gioco). Ogni episodio in tutte le iterazioni del gioco presenta cinque livelli (numerati da 0 a 4). N supporta anche i livelli creati dall’utente. Questo viene fatto attraverso un editor di livelli integrato chiamato NEd, o “N Editor”. I livelli possono essere aggiunti in un gioco modificando un file di testo che accompagna il gioco che contiene i dati a livello utente.
N 1.4 ha un totale di 500 mappe, 450 delle quali sono fatte da Metanet Software; 2.0 contiene 600 livelli, 500 dei quali sono fatti da Metanet Software. I restanti 50 livelli in 1.4 sono livelli utente di cui sopra che sono stati raccolti a mano da Metanet nel 2005, mentre i restanti 100 livelli in 2.0 sono stati livelli creati dall’utente selezionati da un gruppo di fan alla fine del 2012 e sono stati finalizzati da Metanet Software nel 2013. (La squadra dietro la selezione shortlist sono stati elencati nei crediti del gioco sotto i rispettivi alias.) L’obiettivo di ogni livello è quello di attivare l’interruttore e uscire attraverso la porta si apre entro il limite di tempo. Alcuni livelli hanno più di un’uscita e un interruttore associato, dando al giocatore più libertà di decidere il percorso e il metodo per completare la mappa. Ogni episodio è dato un limite di tempo cumulativo. All’inizio del livello 0, il giocatore è dato 90 secondi per completare i prossimi cinque livelli. Il limite di tempo dell’episodio può essere aumentato raccogliendo oro, che aggiunge due secondi per pezzo. Il tempo rimasto alla fine di ogni livello porta al livello successivo. L’unica eccezione è il livello finale, in cui il tempo rimasto diventa il punteggio di quell’episodio.