Nel settembre 2017, Khan è stato accusato di interazioni online inappropriate con numerose donne, come riportato in un articolo sul quotidiano nazionale. Queste accuse sono state ripetute sui giornali internazionali; Khan ha risposto che le conversazioni di testo trapelate erano “tra adulti consenzienti” e che le donne erano prospettive di matrimonio, notando che era stato divorziato per due anni. Nel dicembre 2017, BuzzFeed News ha pubblicato un articolo su ciò che ha definito le attività di “abuso spirituale” di Khan, sostenendo che ha fatto in modo che gli avvocati chiedessero a quattro colleghi chierici di non rilasciare una dichiarazione congiunta che si riferisse a “matrimoni segreti”. Un articolo su The Atlantic ha notato alcuni contraccolpi contro le donne che avevano accusato Khan di cattiva condotta.
Nell’ottobre 2017, un comitato composto da vari studiosi islamici e leader della comunità, compresi quelli che hanno ricoperto posizioni di leadership nella Società islamica del Nord America, consiglieri e professionisti della salute mentale, ha rilasciato una dichiarazione dopo aver condotto la propria indagine sulla questione. Tra il pannello erano Aisha Al-Adawiya, Salma Abugideiri, Tamara Gray, Altaf Husain, Mohamed Magid e Ingrid Mattson. Il comitato ha dichiarato: “È con il cuore pesante che confermiamo che fr. Nouman ha commesso significative violazioni della fiducia, abusi spirituali e comportamenti non etici.”Il comitato ha raccomandato che Khan” affrontare le conseguenze delle sue azioni, e … prendere una pausa dalla vita pubblica al fine di ottenere consulenza e di impegnarsi in atti di espiazione.”