Una volta che la paraformaldeide è depolimerizzata, la formaldeide risultante può essere utilizzata come fumigante, disinfettante, fungicida e fissativo. I poliossimetileni a catena più lunga (alto peso molecolare) sono usati come termoplastici e sono noti come plastica poliossimetilenica (POM, Delrin). E’stato utilizzato in passato nel metodo screditato Sargenti di trattamento canalare.
La paraformaldeide non è un fissativo; deve essere depolimerizzata in formaldeide in soluzione. Nella coltura cellulare, una tipica procedura di fissaggio della formaldeide comporterebbe l’utilizzo di una soluzione di formaldeide al 4% in soluzione salina tamponata con fosfato (PBS) su ghiaccio per 10 minuti. Nella preparazione dei campioni di istologia e patologia, di solito, la fase di fissazione viene eseguita utilizzando formalina tamponata neutra al 10% (formaldeide al 4%) per almeno 24 ore.
La paraformaldeide è anche usata per reticolare le proteine al DNA, come usato nel ChIP (immunoprecipitazione della cromatina) che è una tecnica per determinare a quale parte del DNA si legano determinate proteine.
La paraformaldeide può essere utilizzata come sostituto della formaldeide acquosa per produrre il materiale legante resinoso, che viene comunemente usato insieme a melamina, fenolo o altri agenti reattivi nella produzione di pannelli di particelle, pannelli di fibra a media densità e compensato.