L’Università è stata fondata come San Jose Bible College nel 1939, a San Jose da William Jessup, primo presidente della scuola. Eugene Claremont Sanderson aveva originariamente iniziato una scuola chiamata Evangel Bible University di San Jose nel 1934, ma non era in grado di renderlo praticabile. Di conseguenza, ha reclutato William Jessup, uno dei suoi ex studenti di prendere in consegna. Nel 1951, con l’espansione della scuola e l’Università statale di San José dall’altra parte della strada, il San Jose Bible College si trasferì in un pacco delimitato da Coyote Creek, 12th Street e quasi 30 anni dopo dalla I-280. Edifici scolastici in stile spagnolo e diversi edifici dormitorio costituivano il piccolo campus.
William Jessup si ritirò nel 1960 e gli succedette Alvan L. Tiffin. Più tardi, Woodrow Phillips, un alunno, è stato presidente dal 1968 al 1979 e Chuck Boatman è stato presidente dal 1979 al 1984. Il Dott. Bryce Jessup, un alunno della Pepperdine University e figlio del presidente originale, è stato presidente da 1984-2010, quando è andato in pensione. Dr. John Jackson è stato selezionato per essere il sesto Presidente nel marzo 2011.
Nel 1989, la scuola è stata rinominata San Jose Christian College ed è stato accreditato a livello regionale da WASC nel 2002. Poiché l’amministrazione non è stata in grado di trovare una nuova posizione nella valle di Santa Clara, è stato deciso di trasferirsi nella città metropolitana di Sacramento di Rocklin nell’aprile 2003. Il Collegio si trasferì ufficialmente dal suo campus di San Jose nel giugno 2004. In questo momento il collegio è stato ribattezzato William Jessup University. Un campus ramo è stato mantenuto a San Jose che serve principalmente studenti non tradizionali e laureati.
La sede attuale era precedentemente una fabbrica di mobili Herman Miller, e molti degli edifici sono stati progettati da Frank Gehry.