自己免疫状態
免疫システムは、感染に対する身体の防御です。 多くの専門家は、潰瘍性大腸炎は自己免疫状態であると考えています（免疫系が誤って健康な組織を攻撃する場合）。
免疫システムは、通常、感染の原因を破壊するために血液中に白血球を放出することによって感染症を撃退します。
免疫システムは、感染症
これは、感染した領域の体組織の腫脹および発赤（炎症）をもたらす。潰瘍性大腸炎では、主要な理論は、免疫系が消化を助ける結腸内の”友好的な細菌”を有害な感染症として間違い、結腸および直腸が炎症を起こすことあるいは、一部の研究者は、ウイルスまたは細菌感染が免疫系を誘発すると信じていますが、何らかの理由で感染が経過して炎症を引き起こし続また、感染は関与せず、免疫系が単独で機能不全に陥る可能性があること、または腸内の善玉菌と悪玉菌の間に不均衡があることも示唆されています。