De eiwitcapside vormt het tweede belangrijke criterium voor de indeling van virussen. Capside omringt het virus en is samengesteld uit een eindig aantal eiwitsubeenheden die capsomeres worden genoemd, die gewoonlijk met, of dichtbij, het virion-nucleic zuur associëren.
Er zijn twee belangrijke klassen virussen op basis van de eiwitcapside: (1) die waarin een enkel (of gesegmenteerd) lineair nucleïnezuurmolecuul met twee vrije uiteinden in wezen volledig is uitgeschoven of enigszins opgerold (een helix) en (2) die waarin het nucleïnezuur, dat al dan niet een covalent gesloten cirkel kan zijn, stevig is gewikkeld tot een gecondenseerde configuratie, zoals een bol garen. Deze twee virusklassen gaan in het eerste geval uit van een lange, verlengde Rod-achtige structuur en in het tweede geval van een symmetrische veelhoek.het best bestudeerde voorbeeld van een spiraalvormig staafvormig virus is het tabaksmozaïekvirus, dat in 1935 door Wendell Stanley werd gekristalliseerd. Het tabaksmozaïekvirus bevat een genoom van single-stranded RNA ingekapseld door 2.130 molecules van één enkel eiwit; er zijn 161/3 eiwitmolecules voor elke draai van de helix van RNA in de verhouding van drie nucleotiden voor elke eiwitmolecuul.
onder de juiste omgevingsomstandigheden zullen virale RNA-en eiwitmoleculen in vloeibare suspensie zich samenbrengen tot een perfect gevormd en volledig infectieus virus. De lengte van het spiraalvormige virus capside wordt bepaald door de lengte van de nucleïnezuurmolecule, die het kader voor de assemblage van de capsideproteã ne is. De diverse spiraalvormige virussen hebben verschillende lengtes en breedtes, afhankelijk van de grootte van het nucleic zuur evenals van de massa en de vorm van de eiwitmolecule. Sommige van deze spiraalvormige virussen vormen stijve staven, terwijl anderen flexibele staven vormen, afhankelijk van de eigenschappen van de geassembleerde eiwitten.
veelhoekige virussen variëren sterk in grootte, van 20 tot 150 nm in diameter, in wezen evenredig met de grootte van het nucleïnezuurmolecuul dat in het virion is opgerold. De meeste, zo niet alle, veelhoekige virussen zijn icosahedraal; net als een geodetische koepel, worden ze gevormd door gelijkzijdige driehoeken, in dit geval 20. Elke driehoek is samengesteld uit eiwitsubeenheden (capsomeren), vaak in de vorm van hexonen (veelvouden van zes) die de bouwstenen van capside zijn. Er zijn 12 hoekpunten (de apicale kruispunten van deze 20 driehoeken), elk bestaande uit een penton (vijf subeenheden). Deze icosaëdrische virionen hebben drie assen van vijfvoudige, drievoudige en tweevoudige rotatiesymmetrie. Het aantal capsomeren is een basis voor de taxonomische classificatie van deze virusfamilies. Bepaalde icosahedrale virussen, gewoonlijk die die complexer zijn, bevatten interne proteã nen die aan het nucleïnezuur aanhangen die niet aan het oppervlak van de virionen toegankelijk zijn.
