Op 17 mei, als reactie op Amerikaanse aanvallen op Attu Island, Musashi—samen met het vliegdekschip Hiyo, twee zware kruisers en negen torpedobootjagers—naar de noordelijke Stille Oceaan. Toen er geen contact werd gemaakt met Amerikaanse troepen, zeilden de schepen naar Kure op 23 mei, waar Yamamoto ‘ s as van het schip werd gehaald ter voorbereiding op een officiële staatsbegrafenis. Onmiddellijk daarna werd Musashi ‘ s taskforce aanzienlijk versterkt om de Amerikaanse zeemacht bij Attu aan te vallen, maar het eiland werd ingenomen voordat de troepen konden ingrijpen. Op 9 juni werd Arima afgelost door keizer Keizer Komura. Op 24 juni, tijdens de revisie bij Yokosuka Naval Arsenal, werd Musashi bezocht door keizer Hirohito en hooggeplaatste marineofficieren. Van 1 tot 8 juli werd het schip uitgerust met een paar Type 22 radars te Kure. Ze zeilde op 30 juli naar Truk en kwam daar zes dagen later aan, waar ze haar positie als vlaggenschip van de vloot voor admiraal Mineichi Koga hervatte.midden oktober leidde Musashi een grote vloot-drie vliegdekschepen, zes slagschepen en elf kruisers—om Amerikaanse troepen te onderscheppen, maar slaagde er niet in om contact te maken en keerde op 26 oktober terug naar Truk. De rest van 1943 bracht ze door in Truk Lagoon. Komura werd op 1 November bevorderd tot schout-bij-nacht en op 7 December overgeplaatst naar de 3e vloot als stafchef, kapitein Bunji Asakura nam het bevel over Musashi over.
het schip bleef in Truk lagune tot 10 februari 1944, toen het terugkeerde naar Yokosuka. Op 24 februari zeilde Musashi naar Palau met een bataljon van het Japanse Keizerlijke Leger en een ander speciaal Marinelandingstroepen en hun uitrusting. Na het verlies van het grootste deel van haar dekkracht tijdens een tyfoon, arriveerde ze op 29 februari in Palau en bleef daar de volgende maand. Op 29 maart vertrok Musashi onder dekking van duisternis uit Palau om een verwachte luchtaanval te vermijden, en kwam de onderzeeër USS Tunny tegen, die zes torpedo ‘ s afvuurde op het slagschip; vijf van hen misten, maar de zesde blies een gat van 5,8 meter (19 ft) in diameter in de buurt van de boeg, waardoor ze overspoelde met 3000 ton water. De torpedo doodde zeven bemanningsleden en verwondde er nog elf. Na tijdelijke reparaties zeilde Musashi later die avond naar Japan en arriveerde op 3 April bij Kure Naval Arsenal. Van 10 tot 22 April werd ze gerepareerd, terwijl haar luchtafweerbewapening aanzienlijk werd vergroot in de ruimte die werd vrijgemaakt door het verwijderen van de op de balk gemonteerde 6,1 inch (155 mm) drievoudige torentjes. De tweede batterij van het schip bestond uit zes 15,5 cm kanonnen, vierentwintig 12,7 cm kanonnen, honderddertig 25 mm kanonnen en vier 13,2 mm machinegeweren. Ze ontving ook nieuwe radars (die nog primitief waren in vergelijking met Amerikaanse apparatuur), en dieptelaadrails werden geïnstalleerd op haar fantail.in mei 1944 werd Asakura bevorderd tot schout-bij-nacht en Musashi vertrok op 10 mei naar Okinawa en op 12 mei naar Tawi-Tawi. Ze werd ingedeeld bij de 1e mobiele vloot, onder het bevel van viceadmiraal Jisaburo Ozawa, met haar zus. Op 10 juni vertrokken de slagschepen van Tawi-Tawi naar Batjan onder bevel van viceadmiraal Matome Ugaki, ter voorbereiding van operatie Kon, een geplande tegenaanval tegen de Amerikaanse invasie van Biak. Twee dagen later, toen Ugaki hoorde van Amerikaanse aanvallen op Saipan, werd zijn leger omgeleid naar de Marianen. Na een ontmoeting met Ozawa ’s hoofdmacht op 16 juni werden de slagschepen toegewezen aan viceadmiraal Takeo Kurita’ s 2e vloot. Tijdens de Slag om de Filipijnse Zee werd Musashi niet aangevallen. Na de desastreuze nederlaag van Japan in de slag (ook bekend als de “Great Marianas Turkey Shoot”), keerde de tweede vloot terug naar Japan. Op 8 juli scheepten Musashi en haar zus 3522 manschappen en uitrusting in van het 106e infanterieregiment van de 49e Infanteriedivisie en zeilden naar het eiland Lingga, waar ze op 17 juli aankwamen.
Slag om de Golf van Leyte
kapitein Toshihira Inoguchi ontsloeg Asakura als bevelhebber van Musashi op 12 augustus 1944 en werd bevorderd aan schout-bij-nacht op 15 oktober. Drie dagen later zeilde ze naar Brunei Bay, Borneo, om zich aan te sluiten bij de Japanse vloot ter voorbereiding op “operatie Sho-1”, de tegenaanval die gepland was tegen de Amerikaanse landingen bij Leyte. Het Japanse plan riep Ozawa ’s vliegdektroepen op om de Amerikaanse vliegdekschepen ten noorden van Leyte te lokken zodat Kurita’ s 1st Omleidingsmacht (ook bekend als de Central Force) de Golf van Leyte kon binnenvallen en Amerikaanse troepen die op het eiland landden kon vernietigen. Musashi vertrok samen met de rest van Kurita ‘ s troepen op 22 oktober uit Brunei naar de Filipijnen.de volgende dag torpedeerde de onderzeeër USS Dace en bracht de zware kruiser Maya tot zinken bij Palawan. De torpedobootjager Akishimo redde 769 overlevenden en verplaatste hen later op de dag naar Musashi.verlies bij Sibuyan Sea op 24 oktober werden Kurita ‘ s schepen tijdens het oversteken van de Sibuyan Sea gezien door een verkenningsvliegtuig van de USS Intrepid. Iets meer dan twee uur later werd het slagschip aangevallen door acht Curtiss Sb2c Helldiver duikbommenwerpers van Intrepid om 10:27. Een 500-pond (230 kg) bom raakte het dak van de toren nr. 1, niet door te dringen. Twee minuten later werd Musashi aan stuurboord geraakt door een torpedo van een Grumman TBF Avenger, ook van Intrepid. Het schip nam 3.000 lange ton (3.000 ton) water en een 5.5-graden lijst aan stuurboord die later werd gereduceerd tot 1 graden door counterfooding compartimenten aan de andere kant. Tijdens deze aanval werden twee Avengers neergeschoten.anderhalf uur later vielen nog acht Helldivers van Intrepid Musashi aan. Een bom raakte het bovendek en kon niet ontploffen; een andere raakte de bakboordzijde van het dek en drong twee dekken binnen voordat hij explodeerde boven een van de machinekamers. Fragmenten braken een stoomleiding in de machinekamer en dwongen deze te verlaten, evenals die van de aangrenzende stookruimte. De snelheid van het schip daalde tot 22 knopen (41 km/h). Luchtafweergeschut schoot twee Helldivers neer tijdens deze aanval. Drie minuten later vielen negen Avengers aan beide zijden van het schip aan en scoorden drie torpedohits aan bakboord. De ene raakte de Torentje Nr. 1, de tweede overstroomde een hydraulische machinekamer en dwong de hoofdtorens om over te schakelen op hulp hydraulische pompen, en de derde overstroomde een andere machinekamer. Meer tegenstroming verminderde de lijst tot één graad naar de haven, maar de mate van overstroming verminderde het voorste vrijboord van het schip met 1,8 meter. Tijdens deze aanval vuurde Musashi sanshikidan luchtafweergranaten af van haar hoofdbewapening; een granaat ontplofte in het middelste kanon van de toren nr. 1, mogelijk door een fragment van een bom in de loop, en vernielde de hefwerktuigen van de toren.
Op 13:31, het schip werd aangevallen door 29 vliegtuigen van de vliegdekschepen Essex en Lexington. Twee Grumman F6F Hellcat gevechtsvliegtuigen beschieten het dek van het schip en Helldivers scoorde nog vier bomaanslagen in de buurt van haar voorste torentjes. Musashi werd getroffen door nog vier torpedo ‘ s, waarvan drie voor Torentje nr. 1, waardoor grote overstromingen ontstonden. Het schip was nu een graad aan stuurboord, en had zo veel water genomen dat haar boeg nu 13 voet (4,0 m) was gedaald en haar snelheid was verminderd tot 20 knopen (37 km/h; 23 mph). Twee uur later vielen negen Helldivers van de Enterprise aan met 450 kg pantserdoorborende bommen, die vier hits scoorden. Het schip werd getroffen door nog drie torpedo ‘ s, waardoor haar stuurboordboeg werd geopend en haar snelheid werd teruggebracht tot 13 knopen (24 km/h). Om 15:25 werd Musashi aangevallen door 37 vliegtuigen van Intrepid, Franklin en Cabot. Het schip werd getroffen door 13 bommen en 11 torpedo ‘ s tijdens deze aanval voor het verlies van drie Avengers en drie Helldivers. Haar snelheid werd teruggebracht tot 6 knopen (11 km/ h; 6.9 mph), haar hoofdstuurmotor was tijdelijk uitgeschakeld en haar roer was kort geblokkeerd 15 graden naar bakboord. De tegenstroom verminderde haar lijst tot zes graden naar bakboord van het vorige maximum van tien graden. Musashi werd getroffen door naar schatting 19 torpedo ‘ s en 17 bommen.Kurita verliet Musashi om 15:30 en kwam haar om 16:21 weer tegen na het omkeren van de koers. Het schip ging naar het noorden, met een lijst van 10 graden naar bakboord, beneden 26 voet (7,9 m) aan de boeg met haar voorschip awash. Hij liet een zware kruiser en twee torpedobootjagers achter om haar te escorteren terwijl er verwoede pogingen werden ondernomen om haar lijst te corrigeren, waaronder het onder water zetten van een andere machinekamer en een aantal ketelkamers. Haar motoren stopten voordat ze kon worden gestrand. Om 19: 15 bereikte haar lijst 12 graden en haar bemanning werd bevolen zich voor te bereiden op het verlaten van het schip, wat ze een kwartier later deden toen de lijst 30 graden bereikte. Musashi kapseisde om 19: 36 en zonk in 1,350 meter hoogte bij 13 ° 07 ‘NB 122°32’ ol / 13.117 ° N 122.533°Ecoordinaten: 13°07 ‘NB 122°32’ ol / 13.117°n 122.533 ° E. Inoguchi koos ervoor om met zijn schip ten onder te gaan; 1.376 van haar 2.399 man bemanning werden gered. Ongeveer de helft van haar overlevenden werd geëvacueerd naar Japan en de rest nam deel aan de verdediging van de Filipijnen. De vernietiger Shimakaze redde 635 van Maya ‘ s overlevenden uit Musashi.