Jackson begon met acteren in een kleine rol in de film Crooked Hearts in 1991. Het jaar daarop speelde hij de rol van Charlie in een muzikale versie van Willie Wonka and The Chocolate Factory. Op dit moment, met de hulp van het toneelstuk casting director Laura Kennedy, hij werd lid van de William Morris Agency. Kort daarna, hij landde de rol van Charlie (#96) in de Mighty Ducks serie, het spelen van een jonge en aspirant hockeyspeler.Joshua Jackson trad op als Pacey Witter in Dawson ‘ s Creek, die werd gecreëerd door Kevin Williamson en liep op de WB network van 1998 tot 2003, en ook starred James Van Der Beek, Michelle Williams en Katie Holmes. Terwijl de show was op hiatus, hij verscheen in verschillende films, waaronder Cruel Intentions (een New York yuppie aanpassing van Les Liaisons dangereuses die ook starred Sarah Michelle Gellar en Ryan Phillippe), The Skulls, the Safety of Objects, The Laramie Project en een korte cameo in de remake van Ocean ‘ s Eleven waarin hij verschijnt als zichzelf in een poker scene met Brad Pitt, George Clooney en Holly Marie Combs, onder anderen. In 2000, hij ook gast-starred in Seizoen 12 van The Simpsons, uiten van het karakter van Jesse Grass, een ” hunky environmentalist “en liefde voor Lisa Simpson in de aflevering”Lisa The Tree Hugger”. Hij werd ook gecast als “Beau” in de film Gossip in 2000 met acteurs James Marsden, Kate Hudson en Norman Reedus.kort na het einde van Dawson ‘ s Creek in 2003 speelde Jackson de hoofdrol in films met Dennis Hopper (Americano), Harvey Keitel (Shadows In The Sun) en Donald Sutherland (Aurora Borealis). In 2005 verhuisde Jackson naar het Verenigd Koninkrijk en maakte zijn debuut op het London West End met Patrick Stewart in David Mamet ‘ s two-man play, A Life in the Theatre. Het stuk was een kritisch en populair succes, en liep van februari tot April van dat jaar. Jackson zei dat hij zou overwegen terug te keren naar het podium, om zijn hand te proberen op Broadway. Zijn volgende filmrol was in Bobby, geregisseerd door Emilio Estevez, Jacksons co-ster van The Mighty Ducks. Hij speelde een hoofdrol in Shutter, een Amerikaanse remake van een Thaise horrorfilm met dezelfde naam. Hij speelde en trad op als uitvoerend producent in de Canadese onafhankelijke film One Week, die geopend op Maart 6, 2009.van 2008 tot 2013 speelde Jackson de hoofdrol van Peter Bishop in de sciencefictionserie Fringe, bedacht door JJ Abrams, Roberto Orci en Alex Kurtzman. De serie verscheen op de Fox TV network en was de tweede hoogst gewaardeerde nieuwe show van het seizoen 2008-2009 na CBS ‘ s The Mentalist. BuddyTV gerangschikt hem # 9 op de ” TV ’s 100 Sexiest Men of 2010″ lijst, # 19 in 2011 en # 14 in 2012.
Jackson werd genomineerd voor Genie Award voor beste prestaties door een acteur in een hoofdrol voor de film One Week. Hij won de prijs op 12 April 2010. Hij hield en gehost de satirische Pacey-Con in 2010, direct aan de overkant van de San Diego Comic-Con, sportieve een bowling shirt en het geven van fan fictie, geschreven door Dawson ‘ s Creek fans, aan degenen die wachten in de Comic-Con ingang lijn. Beelden van het evenement werden opgenomen voor een video, getiteld ‘Pacey-Con’, die hij aan het filmen was voor Will Ferrell ‘ s Funny or Die celebrity humor website. In 2013 verscheen Jackson in de IFC-film Inescapable met Marisa Tomei en Alexander Siddig. Jackson schreef het eerste verhaal uit de trilogie Beyond the Fringe, getiteld “Peter and The Machine”. Jackson starred in de succesvolle Showtime TV-show, The Affair, waar hij speelde Cole Lockhart, de hoofdpersoon van de ontrouwe Alison Lockhart.in Maart 2018, Jackson maakte zijn theatrale debuut op Broadway, Children of a Lesser God, waar hij speelde James Leeds, een onconventionele leraar op school voor doven die krijgt in een conflict professionele en romantische relatie met een voormalige dove student, Sarah Norman (Lauren Ridloff). Het stuk liep tot mei 2018.in 2019, Jackson starred als defense attorney Mickey Joseph in de Netflix drama miniserie When They See Us.in 2020 speelde Jackson samen met Reese Witherspoon en Kerry Washington in Hulu ‘ s miniserie Little Fires Everywhere, gebaseerd op de roman van Celeste Ng.
Jackson is gecast in de titelrol in Dr. Death, gebaseerd op de podcast met dezelfde naam.