In N bestuurt de speler een ninja die door tegelgebaseerde levels navigeert terwijl hij tegelijkertijd gevaren vermijdt, goud verzamelt en uiteindelijk een uitgang opent die het level voltooit. Gameplay omvat vier toetsen-een move-links toets (Standaard pijl naar links), een move-rechts toets (Standaard pijl naar rechts), springen (standaard shift-toets, hoewel z-toets is een gemeenschappelijk alternatief), en zelfmoord (standaard K-toets). Combinaties van bewegen en springen op verschillende soorten terrein kunnen de ninja om een verscheidenheid van bewegingen uit te voeren, zoals springen van muur tot muur, klimmen verticale hellingen, en glijden naar beneden steile oppervlakken.
Versie 1.4 van N bevat 100 afleveringen (genummerd van 00 tot 99), terwijl versie 2.0 120 afleveringen bevat (omdat twee bonuskolommen ontgrendelbaar zijn na het voltooien van de hoofdspel-afleveringen). Elke aflevering in alle iteraties van het spel heeft vijf levels (genummerd 0 tot 4). N ondersteunt ook door de gebruiker gemaakte niveaus. Dit wordt gedaan door middel van een ingebouwde level editor genaamd NEd, of de “N Editor”. Levels kunnen worden toegevoegd aan een spel door het wijzigen van een tekstbestand bij het spel dat gebruikersgegevens bevat.
n 1.4 heeft in totaal 500 kaarten, waarvan 450 zijn gemaakt door Metanet Software; 2.0 bevat 600 niveaus, waarvan 500 zijn gemaakt door Metanet Software. De overige 50 niveaus in 1.4 zijn eerder genoemde gebruikersniveaus die door Metanet in 2005 met de hand werden gekozen, terwijl de resterende 100 niveaus in 2.0 door gebruikers gemaakte niveaus waren geselecteerd door een panel van fans eind 2012 en werden afgerond door Metanet Software in 2013. (Het team achter de shortlist selectie werden vermeld in de credits van het spel onder hun respectieve aliassen.) Het doel van elk niveau is om de schakelaar te activeren en af te sluiten door de deur opent binnen de tijdslimiet. Sommige levels hebben meer dan één uitgang en bijbehorende switch, waardoor de speler meer vrijheid om hun route en de methode van het invullen van de kaart te beslissen. Elke aflevering krijgt een cumulatieve tijdslimiet. Aan het begin van level 0 krijgt de speler 90 seconden om de volgende vijf levels te voltooien. De tijdslimiet van de aflevering kan worden verhoogd door goud te verzamelen, wat twee seconden per stuk toevoegt. De tijd die overblijft aan het einde van elk niveau gaat over naar het volgende niveau. De enige uitzondering is het laatste niveau, waarin de resterende tijd de score van die aflevering wordt.