In September 2017 werd Khan beschuldigd van ongepaste online interacties met tal van vrouwen, zoals gemeld in een artikel in de nationale krant. Deze beschuldigingen werden herhaald in internationale kranten; Khan antwoordde dat de gelekte tekst gesprekken waren “tussen instemmende volwassenen” en dat de vrouwen waren huwelijk vooruitzichten, merkt op dat hij was gescheiden voor twee jaar. In December 2017 publiceerde BuzzFeed News een artikel over wat het Khan ‘ s “spirituele misbruik” activiteiten noemde, waarin hij beweerde dat hij tevergeefs advocaten aan vier collega-geestelijken had laten vragen om geen gezamenlijke verklaring vrij te geven over “geheime schijnhuwelijken”. In een artikel in the Atlantic werd enige terugslag opgemerkt tegen vrouwen die Khan hadden beschuldigd van wangedrag.
in oktober 2017 heeft een commissie bestaande uit verschillende islamitische geleerden en gemeenschapsleiders, waaronder degenen die leidinggevende posities hebben bekleed in de Islamic Society of North America, counselors en geestelijke gezondheidsprofessionals, een verklaring uitgebracht na het uitvoeren van hun eigen onderzoek naar de zaak. Onder de panelen waren Aisha Al-Adawiya, Salma Abugideiri, Tamara Gray, Altaf Husain, Mohamed Magid en Ingrid Mattson. De Commissie verklaarde, ” het is met zware harten dat we bevestigen dat Br. Nouman heeft ernstige schendingen van vertrouwen, geestelijk misbruik en onethisch gedrag begaan. Het Comité adviseerde Khan de gevolgen van zijn daden onder ogen te zien … neem een pauze van het openbare leven om advies te krijgen en deel te nemen aan boetehandelingen.”