het politieke systeem van Tokugawa was misschien wel het meest complexe feodale systeem ooit ontwikkeld. Het was vergelijkbaar met het Europese feodale systeem (paus, keizer of koning, feodale baronnen en vazallen in Europa vergeleken met keizer, shogun, daimyo en Samurai vazallen in Japan), maar het was ook zeer bureaucratisch, een attribuut dat niet geassocieerd werd met het Europese feodalisme.
Dit politieke systeem werd het bakohan-systeem genoemd. Bakoe komt uit bakufu, de regering die de Tokugawa-leiders gebruikten om hun privézaken binnen hun eigen leengoed te beheren. Han betekent domein en verwijst naar de meer dan 250 domeinen die gedurende de Edoperiode bestonden. Zo verwijst bakohan naar het naast elkaar bestaan van de Tokugawa-regering met afzonderlijke, onafhankelijke regeringen in elk van de leengoederen. Omdat elke daimyo een vazal van de shogun was, had de bakufu of shogunaat enige macht over heel Japan. Dit was geen federaal systeem of zelfs geen gecentraliseerde hiërarchie van politieke autoriteiten; het was eerder een systeem waarin twee bestuursniveaus bestonden met een hoge mate van onafhankelijkheid.het Tokugawa-shogunaat leek veel op elke domainale regering in die zin dat het eerst verantwoordelijk was voor het beheer van een beperkt gebied, het leengoed van het Tokugawa-huis. Als zodanig hield het zich bezig met het beheersen van de samurai klasse, het innen van belastingen (voornamelijk op de landbouw), het handhaven van de burgerlijke orde, het verdedigen van het leengoed, het controleren van de steden, het stimuleren van handel en productie die nodig waren door het leengoed, het beperken van ongewenste vormen van handel, enzovoort. In de meeste domeinen was de omvang van de overheid vergelijkbaar. In feite kopieerden de meeste domeinen, naarmate de Edoperiode vorderde, het systeem van het shogunaat.het Tokugawa-shogunaat had ook verantwoordelijkheden en zorgen die verder gingen dan die van gewone domeinen; de Tokugawa-shoguns waren immers hegemonen die een heel land voorzitten.alleen de regering van Tokugawa hield zich bezig met het keizerlijk hof, de keizerlijke adel en de keizer zelf. De keizer was de bron van legitimiteit omdat het ambt van shogun een keizerlijke benoeming was. Verder richtte het Confucianisme, de officiële ideologie van het Tokugawa-huis tijdens de Edoperiode, de aandacht op de keizer. Zo vestigde het Tokugawa-shogunaat een monopolie op de toegang tot het keizerlijk hof. In de loop van de periode werd het monopolie geschonden, maar het is in wezen waar dat de Tokugawa het Hof voor zijn eigen doeleinden beheersten en manipuleerden.het shogunaat had een bijna monopolie op buitenlandse handel en buitenlandse zaken. Het handelsmonopolie was belangrijk omdat alleen de Tokugawa aanzienlijke winsten konden behalen. Buitenlandse handel was ook toegestaan via het Satsuma-domein naar het Ryukyu-Koninkrijk (Okinawa) en via het Tsushima-domein naar Korea, maar over het algemeen werden diplomatieke zaken nauw gecontroleerd door de Tokugawa.Buitenlandse betrekkingen waren van cruciaal belang omdat de controle over hen een verklaring aflegde aan het politieke publiek dat het Huis van Tokugawa de controle had over alle aspecten van de overheid; het was een extra bron van legitimiteit. In overeenstemming hiermee beperkte het Tokugawa-shogunaat het diplomatieke contact door alle Europeanen behalve de Nederlanders te verbieden na 1639 naar Japan te komen.; dit was het beleid van nationale afzondering (sakoku). Maar zelfs afzondering was een machtsuitoefening die waarnemers onder de indruk bracht en onderwerping aanmoedigde.
misschien wel de belangrijkste rol van het shogunaat was de controle over de domeinen, de han. Dit was precies wat ontbrak in de periode van de Strijdende Staten, het vermogen van de centrale autoriteit om vrede af te dwingen. Gedurende de veertig jaar voor de Edoperiode ontwikkelden de drie verenigers, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi en Tokugawa Ieyasu, een systeem dat steeds meer in staat bleek om de loyaliteit en gehoorzaamheid van vazallen te waarborgen. Het Tokugawa-shogunaat heeft deze ervaring tot in de perfectie aangescherpt.
elementen van dit systeem omvatten een politie-en spionagenetwerk dat elke verdachte activiteit door samurai of daimyo meldde. Daimyo moest eventuele huwelijksallianties tussen domeinen ter goedkeuring aan het shogunaat melden. Contact tussen domeinen was verboden om de mogelijkheden voor het plotten tegen het shogunaat te verminderen. Het aantal kastelen, hun grootte en hun sterkte waren zeer strikt beperkt.
het shogunaat kan daimyo straffen voor overtredingen op verschillende manieren; een domein kan worden verkleind, de daimyo kan worden verplaatst naar een geheel ander domein, of, de uiteindelijke sanctie, zelfmoord kan worden geëist, misschien met de extra straf van zijn afstamming wordt teruggebracht in status tot een niet-daimyo niveau.
het belangrijkste aspect van het systeem van controle van de han was het sankin-kotai systeem, of het systeem van alternatieve verblijfplaats in Edo. Dit groeide uit de periode van de Strijdende Staten praktijk van het eisen van hooggeplaatste gijzelaars van vazallen of bondgenoten om goed gedrag te garanderen. De stichter van het shogunaat, Tokugawa Ieyasu, was zelf een gijzelaar voor bijna 13 jaar als een jonge jongen.de Tokugawa formaliseerden echter het houden van gijzelaars. Zij stelden regels vast die voor elke daimyo een periode van tijd elk jaar (of twee of drie) waarin de daimyo moet wonen in Edo. De familie van de daimyo zou in Edo moeten wonen toen de daimyo terugkeerde naar zijn domein, zodat de een gegijzeld werd voor de ander.dit leverde niet alleen gijzelaars op, maar het legde ook een economische last op de daimyo die middelen weghaalde die anders in militaire voorbereidingen tegen het shogunaat zouden zijn gegaan. De daimyo moest een grote residentie en ondersteunende faciliteiten in Edo evenals in hun domein behouden. Ze moesten ook van en naar Edo reizen langs een route die door het shogunaat werd gedicteerd. De meeste reisden op de Tokaido omdat de Nakasendo door het keizerlijk hof werd gebruikt, maar de totale Last werd verdeeld over de twee wegen. Het hele systeem verbruikt ongeveer 25% van de inkomsten beschikbaar voor de meeste daimyo.
het shogunaat was echter slechts een deel van het bakohan-systeem; de domeinen waren het andere. De domeinen waren onafhankelijk met betrekking tot hun interne regelingen zolang er geen conflict was met de belangen van het shogunaat. In de praktijk dupliceerden de domeinen vrijwillig het regeringssysteem van het shogunaat in grote mate omdat de belangen en problemen van een daimyo op zijn niveau vergelijkbaar waren met die van het shogunaat: hoe stabiliteit en orde te handhaven. Bovendien hadden de bevoegdheden die het shogunaat uitoefende over de domeinen het effect dat de domeinen werden gedwongen zich op vrijwel dezelfde manier te gedragen, aangezien ze voor dezelfde vereisten stonden.zo onderhouden alle belangrijke domeinen commerciële activiteiten in Osaka, de nationale markt, om rijst en andere grondstoffen te verkopen om zo de kas te verkrijgen die nodig is voor het alternatieve aanwezigheidssysteem. Deze standaardisatie heeft de regionale verschillen en potentiële antagonismen gedurende de Edoperiode sterk verminderd.net als het shogunaat had de daimyo een groot belang bij het pacificeren en beheersen van hun onderdanen en de samoerai in het algemeen. Tijdens de late 16e eeuw ontwapende Toyotomi Hideyoshi de boeren door middel van een reeks zwaardjachten met de bedoeling om hun bijdrage aan onrust te verminderen en hen alleen aan landbouwactiviteiten te binden. In de jaren na 1588 werden samoerai geleidelijk verwijderd uit hun onafhankelijke leengoed op het platteland en naar de kasteelsteden van de daimyos gebracht om te leven. De samoerai werden gescheiden van de boeren, zowel in sociale rol en woonplaats.