Florida High School Athletic Association została założona 9 kwietnia 1920 roku przez grupę 29 dyrektorów szkół średnich, którzy spotkali się na kampusie University of Florida w Gainesville. Organizacja została założona jako Florida High School Athletic Association. Nazwa została zmieniona na Florida High School Activities Association w 1951 roku. Nazwa została zmieniona z powrotem na Florida High School Athletic Association w 2002 roku.
29 szkół, które stały się członkami statutowymi było: Summerlin (Bartow), Clearwater, Mainland (Daytona Beach), Seabreeze (Daytona Beach), DeLand, Fort Lauderdale, Fort Myers, Gainesville, Duval (Jacksonville), Osceola (Kissimmee), Columbia (Lake City), Lakeland, Leesburg, Suwannee (Live Oak), Miami, Ocala, Orlando, Putnam (Palatka), Pensacola, Plant City, Quincy, Seminole (Sanford), Ketterlinus (St.Augustine), St. Petersburg, Leon (Tallahassee), Hillsborough (Tampa), Hardee (Wauchula), West Palm Beach i Winter Haven.
pierwsza Konstytucja ograniczyła członkostwo w szkołach publicznych. Jednak w 1930 r. zmieniono jej przynależność do szkół prywatnych i parafialnych.
w 1951 r.szkoły członkowskie przegłosowały zmianę słowa „atletyczny” na „działalność” w nazwie organizacji, aby nie-sportowe zajęcia, takie jak muzyka i programy Samorządu Uczniowskiego, również otrzymały odpowiedni nadzór na poziomie państwowym.
Stowarzyszenie powstało w 1962 roku. Podczas gdy statut Stowarzyszenia nigdy nie wykluczał udziału nie-białych studentów, żaden z nich nie brał udziału aż do 1967 roku, kiedy all-black Gibbs High School nie tylko uczestniczyła w koszykówce, ale zdobyła mistrzostwo stanu. W 1968 roku FIAA rozwiązała się. FHSAA nigdy nie włączyła w sposób kompleksowy osiągnięć czarnych szkół średnich do swoich rekordów.
w 1996 roku FHSAA przyjęło przepisy zezwalające studentom uczęszczającym do programów edukacji domowej na udział w zajęciach międzyszkolnych. Przepisy pozwoliłyby później na udział przyszłego rozgrywającego Heisman Trophy Tima Tebowa w szkolnej piłce nożnej; podobne zasady przyjęte później przez inne państwa byłyby zatem nazywane „regułą Tebowa”.
w maju 1997 roku ustawodawca Florydy uznał w statucie FHSAA jako organ zarządzający interscholastic athletics na Florydzie, pod warunkiem, że stowarzyszenie jest zgodne z przepisami ustawowo nakazanej reorganizacji jego struktury rządowej.
nazwa została zmieniona z powrotem na Florida High School Athletic Association w 2002 roku. W sierpniu 2007 roku FHSAA zrzesza 748 szkół.
w 2017 roku Stowarzyszenie przyjęło metodę punktową rankingu drużyn piłkarskich do rozgrywek o mistrzostwo stanu. Punkty są przyznawane na podstawie zwycięstw i porażek, rekordów przeciwników i poprzednich rekordów playoffów.