Jackson zaczął grać niewielką rolę w filmie krzywe serca w 1991 roku. W następnym roku zagrał rolę Charliego w musicalu Willie Wonka i Fabryka Czekolady. W tym momencie, z pomocą reżyserki obsady Sztuki, Laury Kennedy, dołączył do Agencji Williama Morrisa. Wkrótce potem dostał rolę Charliego (#96) w serialu Mighty Ducks, grając młodego i aspirującego hokeistę.
Joshua Jackson pojawił się jako Pacey Witter w Dawson ’ s Creek, który został stworzony przez Kevina Williamsona i działał w sieci WB w latach 1998-2003, a także zagrał Jamesa Van Der Beeka, Michelle Williams i Katie Holmes. Podczas przerwy w produkcji pojawił się w kilku filmach, w tym Cruel Intentions (Nowojorska adaptacja Les Liaisons dangereuses, w której wystąpili również Sarah Michelle Gellar i Ryan Phillippe), The Skulls, the Safety of Objects, the Laramie Project i krótka Kamea w remake 'u Ocean’ s Eleven, w którym pojawia się jako on sam w pokerowej scenie m.in. z Bradem Pittem, George ’ em Clooneyem i Holly Marie Combs. W 2000 roku wystąpił gościnnie w 12 sezonie serialu Simpsonowie, wcielając się w postać Jessego Grassa, „przystojnego ekologa” i zakochując się w Lisie Simpson w odcinku „Lisa The Tree Hugger”. W 2000 roku został obsadzony w roli „Beau” w filmie Gossip z aktorami Jamesem Marsdenem, Kate Hudson i Normanem Reedusem.
krótko po zakończeniu Dawson ’ s Creek w 2003 roku, Jackson zagrał główną rolę w filmach u boku Dennisa Hoppera (Americano), Harveya Keitela (Shadows in The Sun) i Donalda Sutherlanda (Aurora Borealis). W 2005 roku Jackson przeniósł się do WIELKIEJ BRYTANII i zadebiutował na londyńskim West Endzie z Patrickiem Stewartem w sztuce Davida Mameta „a Life in the Theatre”. Spektakl był krytycznym i popularnym sukcesem i trwał od lutego do kwietnia tego roku. Jackson powiedział, że rozważy powrót na scenę, by spróbować swoich sił na Broadwayu. Jego następną rolą filmową był Bobby, wyreżyserowany przez Emilio Esteveza, współprowadzącego Jacksona z Mighty Ducks. Zagrał główną rolę w Shutter, amerykańskim remake ’ u tajskiego horroru o tym samym tytule. Wystąpił i pełnił rolę producenta wykonawczego w kanadyjskim filmie niezależnym One Week, który rozpoczął się 6 marca 2009 roku.
w latach 2008-2013 Jackson grał główną rolę Petera Bishopa w serialu science-fiction Fringe, stworzonym przez JJ Abramsa, Roberto Orciego i Alexa Kurtzmana. Serial pojawił się w sieci telewizyjnej Fox i był drugim najwyżej ocenianym nowym serialem sezonu 2008-2009 po The Mentalist CBS. BuddyTV umieścił go na 9.miejscu listy „TV’ s 100 Sexiest Men of 2010”, na 19. miejscu w 2011 i na 14. miejscu w 2012.
Jackson został nominowany do Nagrody Genie Award za Najlepszy występ aktora w roli głównej za film One Week. Nagrodę otrzymał / a 12 kwietnia 2010. Był gospodarzem satyrycznego Pacey-Con w 2010 roku, tuż po drugiej stronie ulicy od San Diego Comic-Con, ubrany w koszulkę do kręgli i Rozdający fan fiction, napisane przez fanów Dawson ’ s Creek, tym, którzy czekają na wejście na Comic-Con. Materiał z tego wydarzenia został nagrany na potrzeby teledysku zatytułowanego „Pacey-Con”, który kręcił dla witryny humorystycznej „Funny or Die celebrity” Willa Ferrella. W 2013 roku Jackson pojawił się w filmie IFC Inescapable z Marisą Tomei i Alexandrem Siddigiem. Jackson napisał pierwszą historię z komiksowej trylogii Beyond the Fringe, zatytułowaną „Peter and the Machine”. Jackson zagrał w udanym show telewizyjnym show Showtime, The Affair, gdzie grał Cole Lockhart, Bohater męża niewiernej Alison Lockhart.
W marcu 2018 roku Jackson zadebiutował na Broadwayu w filmie Children of a Lesser God, gdzie zagrał Jamesa Leedsa, niekonwencjonalnego nauczyciela w szkole dla niesłyszących, który popada w konflikt zawodowy i romantyczny związek z byłą głuchą studentką Sarah Norman (Lauren Ridloff). Sztuka trwała do maja 2018 roku.
w 2019 roku Jackson wystąpił jako obrońca Mickey Joseph w miniserialu Netflix When they See Us.
w 2020 roku Jackson zagrał z Reese Witherspoon i Kerry Washington w miniserialu Hulu „Little Fires Everywhere” na podstawie powieści Celeste Ng.
Jackson został obsadzony w tytułowej roli w Dr. Death, na podstawie podcastu o tej samej nazwie.