kapsyd białkowy stanowi drugie główne kryterium klasyfikacji wirusów. Kapsyd otacza wirusa i składa się ze skończonej liczby podjednostek białkowych znanych jako kapsomery, które zwykle wiążą się z kwasem nukleinowym wirionu lub znajdują się w jego pobliżu.
istnieją dwie główne klasy wirusów oparte na kapsydzie białkowym: (1) te, w których pojedyncza (lub segmentowana) liniowa cząsteczka kwasu nukleinowego z dwoma wolnymi końcami jest zasadniczo całkowicie wydłużona lub nieco zwinięta (helisa) i (2) te, w których kwas nukleinowy, który może lub nie musi być kowalencyjnie zamkniętym okręgiem, jest nawinięty szczelnie w skondensowaną konfigurację, jak kula przędzy. Te dwie klasy wirusów zakładają w pierwszym przypadku długą, wydłużoną strukturę rodopodobną, a w drugim przypadku symetryczny wielokąt.
zdecydowanie najlepiej zbadanym przykładem wirusa w kształcie walca jest wirus mozaiki tytoniu, który został skrystalizowany przez Wendella Stanleya w 1935 roku. Wirus mozaiki tytoniowej zawiera Genom jednoniciowego RNA zamkniętego przez 2130 cząsteczek pojedynczego białka; na każdy obrót helisy RNA przypada 161/3 cząsteczek białka w stosunku trzech nukleotydów dla każdej cząsteczki białka.
w odpowiednich warunkach środowiskowych wirusowe cząsteczki RNA i białka w ciekłej zawiesinie zmontują się w doskonale uformowany i w pełni zakaźny wirus. Długość spiralnego kapsydu wirusa jest określona przez długość cząsteczki kwasu nukleinowego, która jest ramą dla montażu białka kapsydu. Różne wirusy spiralne mają różne długości i szerokości, w zależności od wielkości kwasu nukleinowego, a także od masy i kształtu cząsteczki białka. Niektóre z tych spiralnych wirusów tworzą sztywne pręty, podczas gdy inne tworzą elastyczne pręty, w zależności od właściwości zmontowanych białek.
poligonalne wirusy różnią się znacznie wielkością, od 20 do 150 nm średnicy, zasadniczo proporcjonalnie do wielkości cząsteczki kwasu nukleinowego zwiniętej w wirion. Większość, jeśli nie wszystkie, poligonalnych wirusów jest icosahedral; podobnie jak kopuła geodezyjna, są one utworzone przez trójkąty równoboczne, w tym przypadku 20. Każdy trójkąt składa się z podjednostek białkowych (kapsomerów), często w postaci heksonów (wielokrotności sześciu), które są budulcem kapsydu. Istnieje 12 wierzchołków (wierzchołkowe skrzyżowania tych 20 trójkątów), z których każdy zawiera penton (pięć podjednostek). Wiriony te mają trzy osie symetrii obrotowej pięciokrotnej, potrójnej i podwójnej. Liczba kapsomerów jest podstawą klasyfikacji taksonomicznej tych rodzin wirusów. Niektóre wirusy ikosahedryczne, zwykle te bardziej złożone, zawierają wewnętrzne białka przylegające do kwasu nukleinowego, które nie są dostępne na powierzchni wirionów.