Rutherford poślubiła wenezuelskiego bankiera Carlosa Tarajano w czerwcu 2001 roku. Rutherford wniósł o rozwód w styczniu 2002 roku, po sześciu miesiącach małżeństwa. Ślub ukazał się wkrótce potem w lutowym wydaniu magazynu InStyle w 2002 roku.
w sierpniu 2006 roku Rutherford poślubiła swojego drugiego męża, niemieckiego biznesmena Daniela Gierscha. W październiku 2006 urodziła ich pierwsze dziecko, syna Hermésa Gustafa Daniela Gierscha.
będąc w ciąży z drugim dzieckiem, Rutherford złożyła pozew o rozwód z Gierschem 30 grudnia 2008 roku. Rutherford i Giersch zaangażowali się następnie w spór o opiekę nad dzieckiem nad ich synem i nienarodzonym dzieckiem. Rutherford urodziła drugie dziecko, córkę Helenę, w czerwcu 2009 roku.
w sierpniu 2009 r.Rutherford i Giersch zawarli tymczasowe porozumienie o wspólnym areszcie fizycznym, które obowiązywało do kwietnia 2010 r. Rutherford uzyskał również tymczasowy zakaz zbliżania się w następnym miesiącu.
USA Gierscha wiza została cofnięta w kwietniu 2012 roku po tym, jak prawnik Rutherforda poinformował Departament Stanu o sprawach dotyczących działalności Gierscha, co doprowadziło Departament do wniosku, że mają wystarczające dowody, aby go deportować.
doniesiono, że zarzuty dotyczyły oszustw lub udziału w handlu narkotykami i bronią w Ameryce Południowej, uznawanych za terroryzm na mocy ustawy Victory Act. W konsekwencji Giersch nie był w stanie przedostać się do Stanów Zjednoczonych i zamieszkał we Francji i Monako. W maju 2012 roku dzieci Rutherforda i Gierscha wyjechały do Francji, aby spędzić lato z ojcem. Rutherford poprosiła sąd o przyznanie jej wyłącznej opieki, aby mogła zatrzymać dzieci głównie w Stanach Zjednoczonych po ich wizycie we Francji, ponieważ istniejąca Umowa o wspólnym opiece wymagała od niej częstych podróży, aby umożliwić Gierschowi spędzanie czasu z dziećmi.
w sierpniu 2012 r., w szeroko rozpowszechnionej decyzji, sędzia Sądu Najwyższego w Kalifornii orzekł, że umowa o opiekę 50/50 powinna pozostać, a ponieważ Giersch nie jest w stanie podróżować do Stanów Zjednoczonych, dzieci powinny mieszkać z nim we Francji i uczęszczać tam do szkoły, a Rutherford podróżuje tam, aby je odwiedzić. Chociaż Rutherford sprzeciwił się decyzji i zażądał zawieszenia postępowania, podczas gdy ona się odwołała, jej wniosek został odrzucony i uznano, że za dwa lata jego uprawnienie do wjazdu do Stanów Zjednoczonych i wynikające z tego dobro dzieci zostaną ponownie ocenione.
w czerwcu 2013 r.Rutherford złożyła wniosek o upadłość, stwierdzając, że ma długi w wysokości około 2 milionów dolarów, głównie z powodu 1,5 miliona dolarów, które wydała na Opłaty prawne związane z rozwodem i sporami o opiekę z Gierschem.
w maju 2015 r.Rutherford otrzymała tymczasową wyłączną opiekę nad swoimi dziećmi, po orzeczeniu, że zarówno jej syn, jak i córka zostaną sprowadzeni do Stanów Zjednoczonych z Monako, gdzie od 2012 r. Mieszkają z ojcem. 23 lipca 2015 roku Kalifornijski sędzia orzekł, że Kalifornia nie ma jurysdykcji w sprawie o opiekę nad dzieckiem Rutherforda, ponieważ mieszka w Nowym Jorku, a jej były mąż ponownie otrzymał opiekę.
Rutherford następnie złożył sprawę w Nowym Jorku, ale 27 lipca 2015 sąd nowojorski orzekł, że również nie ma jurysdykcji.
w grudniu 2015 roku sądy w Monako potwierdziły, że pełna opieka pozostała przy ojcu dzieci, a Rutherford przyznał szerokie prawa do odwiedzin we Francji i Monako, a także podzielił się informacjami na temat „zdrowia, nauki szkolnej, edukacji religijnej i każdej zmiany miejsca zamieszkania”.