W N gracz steruje ninja, który przemierza poziomy oparte na kafelkach, jednocześnie unikając zagrożeń, zbierając złoto i ostatecznie otwierając drzwi wyjściowe, które kończą poziom. Rozgrywka składa się z czterech klawiszy—move-left (domyślnie strzałka w lewo), move-right (domyślnie strzałka w prawo), jumping (domyślny klawisz shift, chociaż klawisz z jest powszechną alternatywą) i suicide (domyślny klawisz k). Kombinacje poruszania się i skakania po różnych rodzajach terenu pozwalają ninja wykonywać różne ruchy, takie jak skakanie od ściany do ściany, wspinanie się po pionowych pochylniach i zsuwanie się po stromych powierzchniach.
Wersja 1.4 N zawiera 100 odcinków (ponumerowanych od 00 do 99), natomiast wersja 2.0 zawiera 120 odcinków (ze względu na dwie dodatkowe kolumny, które można odblokować po ukończeniu głównych odcinków gry). Każdy odcinek we wszystkich iteracjach gry posiada pięć poziomów (ponumerowanych od 0 do 4). N obsługuje również poziomy użytkownika. Odbywa się to za pomocą wbudowanego edytora poziomów o nazwie NEd lub „edytora N”. Poziomy można dodać do gry, modyfikując plik tekstowy towarzyszący grze, który zawiera dane poziomu użytkownika.
N 1.4 ma łącznie 500 map, z których 450 jest wykonanych przez oprogramowanie Metanet; 2.0 zawiera 600 poziomów, z których 500 jest wykonanych przez oprogramowanie Metanet. Pozostałe 50 poziomów w 1.4 to wyżej wymienione poziomy użytkownika, które zostały ręcznie wybrane przez Metanet w 2005 roku, podczas gdy pozostałe 100 poziomów w 2.0 to poziomy wykonane przez użytkownika wybrane przez panel fanów pod koniec 2012 roku i zostały sfinalizowane przez oprogramowanie Metanet w 2013 roku. (Zespół odpowiedzialny za wybór krótkiej listy został wymieniony w napisach gry pod odpowiednimi pseudonimami.) Celem każdego poziomu jest uruchomienie przełącznika i wyjście przez drzwi, które otwiera w terminie. Niektóre poziomy mają więcej niż jedno wyjście i związany z nim Przełącznik, co daje graczowi większą swobodę decydowania o swojej trasie i sposobie ukończenia mapy. Każdy odcinek ma łączny limit czasu. Na początku poziomu 0 gracz otrzymuje 90 sekund na ukończenie kolejnych pięciu poziomów. Limit czasu odcinka można zwiększyć, zbierając złoto, które dodaje dwie sekundy na sztukę. Czas pozostały na końcu każdego poziomu przenosi się do następnego poziomu. Jedynym wyjątkiem jest końcowy poziom, w którym pozostały czas staje się wynikiem danego odcinka.