we wrześniu 2017 r.Khan został oskarżony o niewłaściwe interakcje online z wieloma kobietami, jak donosi artykuł w Gazecie Narodowej. Oskarżenia te były powtarzane w międzynarodowych gazetach; Khan odpowiedział, że wyciekły rozmowy tekstowe były „między zgodnymi dorosłymi” i że kobiety były perspektywami małżeństwa, zauważając, że był rozwiedziony przez dwa lata. W grudniu 2017 r. BuzzFeed News opublikował artykuł na temat tzw. „duchowych nadużyć” Khana, twierdząc, że bezskutecznie poprosił prawników, aby czterech innych duchownych nie wydało wspólnego oświadczenia dotyczącego „tajnych fikcyjnych małżeństw”. Artykuł w Atlantic odnotował pewne protesty przeciwko kobietom, które oskarżyły Khana o niewłaściwe zachowanie.
w październiku 2017 r.komisja złożona z różnych uczonych islamskich i liderów społeczności, w tym tych, którzy zajmowali stanowiska kierownicze w Islamskim społeczeństwie Ameryki Północnej, doradców i pracowników zdrowia psychicznego, wydała oświadczenie po przeprowadzeniu własnego dochodzenia w tej sprawie. Wśród nich znaleźli się Aisha Al-Adawiya, Salma Abugideiri, Tamara Gray, Altaf Husain, Mohamed Magid i Ingrid Mattson. Komitet stwierdził: „z ciężkim sercem potwierdzamy, że Br. Nouman dopuścił się poważnych naruszeń zaufania, duchowych nadużyć i nieetycznych zachowań. Komitet zalecił Khan ’ owi ponieść konsekwencje swoich działań i.. zrób sobie przerwę od życia publicznego, aby uzyskać porady i zaangażować się w akty ekspiacji.”