system polityczny Tokugawy był prawdopodobnie najbardziej złożonym systemem feudalnym, jaki kiedykolwiek powstał. Był podobny do europejskiego systemu feudalnego (papież, cesarz lub król, feudalni baronowie i utrzymywacze w Europie w porównaniu do cesarza, siogunów, daimyō i utrzymywaczy samurajów w Japonii), ale był również bardzo biurokratyczny, atrybut nie związany z europejskim feudalizmem.
Ten system polityczny nazywany był systemem bakuhan. Baku pochodzi z bakufu, który był rządem, którym przywódcy Tokugawy zarządzali swoimi prywatnymi sprawami wewnątrz własnego fiefa. Han oznacza domenę i odnosi się do ponad 250 domen, które istniały przez cały okres Edo. Tak więc bakuhan odnosi się do współistnienia rządu Tokugawy z odrębnymi, niezależnymi rządami w każdym z fiefów. Ponieważ każdy daimyō był opiekunem sioguna, bakufu lub siogunat miał pewną władzę w całej Japonii. Nie był to system federalny ani nawet scentralizowana hierarchia władz politycznych; był to raczej system, w którym istniały dwa poziomy rządów o wysokim stopniu niezależności.
siogunat Tokugawa był bardzo podobny do każdego rządu domainal, ponieważ był odpowiedzialny najpierw za administrację ograniczonego terytorium, lennem rodu Tokugawa. W związku z tym zajmował się on kontrolowaniem klasy samurajów, zbieraniem podatków (głównie od rolnictwa), utrzymywaniem porządku cywilnego, obroną fiefa, kontrolowaniem miast, zachęcaniem do handlu i produkcji, które były wymagane przez fiefa, ograniczaniem niepożądanych rodzajów handlu i tak dalej. W większości dziedzin zakres rządów był podobny. W rzeczywistości, w okresie Edo, większość domen kopiowała system siogunatu.
siogunat Tokugawa miał również obowiązki i obawy, które wykraczały poza zwykłe domeny; siogunowie Tokugawa byli przecież hegemonami przewodzącymi całemu krajowi.
sam rząd Tokugawy zajmował się dworem cesarskim, cesarską szlachtą i samym cesarzem. Cesarz był źródłem legitymizacji, ponieważ Urząd szoguna był mianowaniem cesarskim. Co więcej, Konfucjanizm, który był oficjalną ideologią rodu Tokugawa w okresie Edo, skupiał uwagę na cesarzu. W ten sposób siogunat Tokugawa ustanowił monopol na dostęp do dworu cesarskiego. W miarę upływu czasu monopol został naruszony, ale zasadniczo prawdą jest, że Tokugawa kontrolował i manipulował sądem dla własnych celów.
siogunat posiadał Bliski monopol na handel zagraniczny i sprawy zagraniczne. Monopol handlowy był ważny, ponieważ tylko Tokugawa miała do dyspozycji znaczne zyski. Handel zagraniczny był również dozwolony przez domenę Satsuma do Królestwa Ryukyu (Okinawa) i przez domenę Tsushima do Korei, ale ogólnie rzecz biorąc sprawy dyplomatyczne były ściśle kontrolowane przez Tokugawę.
Stosunki zagraniczne były kluczowe, ponieważ kontrola nad nimi wydała publicznie oświadczenie, że dom Tokugawa kontroluje wszystkie aspekty rządu; było to dodatkowe źródło legitymizacji. Zgodnie z tym, siogunat Tokugawa ograniczył kontakty dyplomatyczne, zakazując Europejczykom, z wyjątkiem Holendrów, przybycia do Japonii po 1639 roku; była to Polityka odosobnienia Narodowego (sakoku). Ale nawet odosobnienie było sprawowaniem władzy, która imponowała obserwatorom i zachęcała do uległości.
prawdopodobnie najważniejszą rolą siogunatu była kontrola nad domenami, han. Właśnie tego brakowało w okresie Walczących państw, zdolności władz centralnych do egzekwowania pokoju. W ciągu czterdziestu lat przed okresem Edo trzej unifikatorzy, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi i Tokugawa Ieyasu, rozwinęli system, który okazał się coraz bardziej zdolny do zapewnienia lojalności i posłuszeństwa wasalom. Siogunat Tokugawa wykorzystał to Wcześniejsze doświadczenie i udoskonalił je do perfekcji.
elementami tego systemu była sieć policyjna i szpiegowska, która zgłaszała wszelkie podejrzane działania samurajów lub daimyō. Daimyō musiał zgłaszać siogunatowi wszelkie proponowane sojusze małżeńskie między domenami do zatwierdzenia. Zakazano kontaktów między domenami w celu ograniczenia możliwości spiskowania przeciwko siogunatowi. Liczba zamków, ich wielkość i siła były bardzo ściśle ograniczone.
szogunat może ukarać daimyō za wykroczenia na różne sposoby; domena może zostać zmniejszona, daimyō może zostać przesunięty do zupełnie innej domeny, lub, ostateczną sankcją, można zażądać samobójstwa, być może z dodatkową karą jego rodowodu zostanie zredukowany do poziomu nie-daimyō.
najważniejszym aspektem systemu kontroli han był system sankin-kotai, czyli system alternatywnego pobytu w Edo. Wyrosło to z okresu Walczących państw, w których domagano się od wasali lub sojuszników wysokiej rangi zakładników gwarantujących dobre zachowanie. Założyciel siogunatu, Tokugawa Ieyasu, sam był zakładnikiem przez prawie 13 lat jako młody chłopiec.
Tokugawa sformalizował jednak przetrzymywanie zakładników. Ustanowili oni zasady, które określały dla każdego daimyō okres czasu każdego roku (lub dwóch lub trzech), podczas którego daimyō musi mieszkać w Edo. Rodzina daimyō musiałaby mieszkać w Edo, gdy daimyō powróci do swojej domeny, tak że jeden stał się zakładnikiem drugiego.
nie tylko zapewniło to zakładników, ale także położyło obciążenie ekonomiczne na daimyō, które wyczerpało zasoby, które w przeciwnym razie mogłyby zostać przeznaczone na przygotowania wojskowe przeciwko siogunatowi. Daimyō musieli utrzymywać dużą rezydencję i zaplecze pomocnicze w Edo, jak również w swojej domenie. Musieli również podróżować do i z Edo trasą podyktowaną przez szogunat. Większość podróżował na Tokaido, ponieważ Nakasendo był używany przez dwór cesarski, ale ogólny ciężar został rozłożony między obie drogi. Cały system pochłonął około 25% dochodu dostępnego dla większości daimyo.
siogunat był jednak tylko jedną częścią systemu bakuhan; domeny były drugą. Domeny były niezależne w odniesieniu do ich wewnętrznych ustaleń, o ile nie było konfliktu z interesami siogunatu. W praktyce domeny dobrowolnie powielały system rządów siogunatu w dużym stopniu, ponieważ interesy i problemy daimyō na jego poziomie były podobne do tych z siogunatu: jak utrzymać stabilność i porządek. Co więcej, władza, którą siogunat sprawował nad domenami, spowodowała zmuszenie domen do zachowania się w podobny sposób, ponieważ musiały one stawić czoła tym samym wymaganiom.
na przykład wszystkie znaczące domeny utrzymywały operacje komercyjne w Osace, na rynku krajowym, w celu sprzedaży ryżu i innych towarów, aby zebrać gotówkę wymaganą przez alternatywny system obecności. Standaryzacja ta przyczyniła się do zmniejszenia różnic regionalnych i potencjalnych antagonizmów w całym okresie Edo.
podobnie jak siogunat, daimyō mieli duże zainteresowanie pacyfikacją i kontrolowaniem swoich poddanych oraz samuraiinów. Pod koniec XVI wieku Toyotomi Hideyoshi rozbroił chłopów poprzez serię polowań na miecze z zamiarem zmniejszenia ich udziału w zamieszaniu i przypisania ich do samej działalności rolniczej. W latach po 1588 r.samurajowie byli stopniowo usuwani ze swoich niezależnych posiadłości na wsi i wprowadzani do zamkowych miast daimyos. Samurajowie odseparowali się od chłopstwa zarówno w roli społecznej, jak i miejscu zamieszkania.