Uniwersytet został założony jako San Jose Bible College w 1939 roku w San Jose przez Williama Jessupa, pierwszego prezydenta szkoły. Eugene Claremont Sanderson początkowo założył szkołę o nazwie Evangel Bible University w San Jose w 1934, ale nie był w stanie uczynić go opłacalnym. W rezultacie zwerbował Williama Jessupa, jednego z jego byłych uczniów do przejęcia władzy. W 1951 roku, wraz z rozbudową szkoły i San José State University po drugiej stronie ulicy, San Jose Bible College przeniósł się do działki graniczącej z Coyote Creek, 12th Street i prawie 30 lat później przez I-280. Budynki szkolne w stylu hiszpańskim i kilka budynków wieloosobowych tworzyły mały kampus.
William Jessup przeszedł na emeryturę w 1960 roku, a jego następcą został Alvan L. Tiffin. Później Woodrow Phillips, absolwent, był prezydentem od 1968 do 1979 i Chuck Boatman był prezydentem od 1979 do 1984. Dr. Bryce Jessup, absolwent Uniwersytetu Pepperdine i syn pierwotnego prezydenta, był prezydentem od 1984-2010, kiedy przeszedł na emeryturę. Dr John Jackson został wybrany na szóstego Prezydenta w marcu 2011 roku.
w 1989 roku szkoła została przemianowana na San Jose Christian College i została regionalnie akredytowana przez WASC w 2002 roku. Ponieważ administracja nie była w stanie znaleźć nowej lokalizacji w Dolinie Santa Clara, postanowiono przenieść się do metropolitalnego miasta Sacramento Rocklin w kwietniu 2003. Uczelnia oficjalnie przeniosła się z kampusu San Jose w czerwcu 2004 roku. W tym czasie uczelnia została przemianowana na William Jessup University. Kampus oddział został zachowany w San Jose, który służy przede wszystkim nietradycyjnych i absolwentów.
obecna lokalizacja była dawniej fabryką mebli Hermana Millera, a wiele budynków zostało zaprojektowanych przez Franka Gehry ’ ego.