O β-folha é um elemento de proteína de estrutura secundária, e intra-/intermoleculares β-folha de interações desempenham um papel central na biológicos, os processos de regulamentação, incluindo andaimes, o transporte e a oligomerização. Na natureza, a formação de uma folha-β é fortemente regulada porque o empilhamento-β desregulado muitas vezes leva a doenças graves, tais como Alzheimer, Parkinson, amiloidose sistémica, ou diabetes. Assim, a identificação das propensidades intrínsecas de formação de folhas β Pode fornecer uma valiosa visão sobre os projetos de proteínas para o desenvolvimento de novos terapeutas. Contudo, os métodos de concepção baseados na estrutura podem não ser geralmente aplicáveis a esses péptidos amiloidogénicos devido principalmente à elevada plasticidade estrutural e complexidade. Por conseguinte, é de importância significativa uma estratégia de concepção alternativa baseada em informações sequenciais complementares. Neste contexto, desenvolvemos um método de pesquisa de bases de dados chamado β-Stacking Interaction DEsign for Reciprocity (B-SIDER) Para o desenho de cadeias β complementares. Este método utiliza a informação estrutural do banco de dados e gera matrizes de pontuação específicas para o alvo. A potência discriminatória da função da pontuação B-SIDERER foi testada em subestruturas de peptídeo amiloidogénico representativas contra uma matriz de pontuação sequencial (PASTA 2.0) e duas funções populares de classificação de proteína ab initio (Rosetta e FoldX). B-SIDERER é capaz de distinguir as cadeias β amiloidogénicas de tipo selvagem como interacções favorecidas de uma forma mais consistente do que outros métodos. A B-SIDERER foi aplicada prospectivamente à concepção de componentes β complementares para um andaime splitGFP. Três variantes foram identificadas como tendo interações mais fortes do que a sequência original selecionada através de uma evolução direcionada, emitindo intensidades de fluorescência mais elevadas. Os nossos resultados indicam que A B-SIDERER pode ser aplicável ao desenho de outras cadeias β, ajudando no desenvolvimento de terapeutas contra peptídeos amiloidogénicos relacionados com doenças.