as cifras usadas em criptogramas não foram originalmente criadas para fins de entretenimento, mas para criptografia real de segredos militares ou pessoais.
O primeiro uso do criptograma para fins de entretenimento ocorreu durante a Idade Média por monges que tinham tempo livre para jogos intelectuais. Um manuscrito encontrado em Bamberg afirma que os visitantes Irlandeses à corte de Merfyn Frych ap Gwriad (morto em 844), rei de Gwynedd no País De Gales receberam um criptograma que só poderia ser resolvido transpondo as cartas do latim para o grego. Por volta do século XIII, o monge inglês Roger Bacon escreveu um livro no qual ele listou sete métodos de cifra, e afirmou que “um homem é louco que escreve um segredo de qualquer outra forma que não aquele que vai escondê-lo do vulgar. No século XIX Edgar Allan Poe ajudou a popularizar criptogramas com muitos artigos de jornais e revistas.
exemplos bem conhecidos de criptogramas na cultura contemporânea são os quebra-cabeças de jornal sindicado Cryptoquip e Cryptoquote, de características do Rei.em um desafio público, o escritor J. M. Appel anunciou em 28 de setembro de 2014 que a página de índice de sua coleção de contos, Scouting for the Reaper, também dobrou como um criptograma, e ele prometeu um prêmio para o primeiro a resolvê-lo.