Florida High School Athletic Association grundades den 9 April 1920 av en grupp av 29 gymnasieskolor som träffades på University of Florida campus i Gainesville. Organisationen grundades som Florida High School Athletic Association. Namnet ändrades till Florida High School Activities Association 1951. Namnet ändrades tillbaka till Florida High School Athletic Association 2002.
de 29 skolorna som blev chartermedlemmar var: Summerlin (Bartow), Clearwater, fastlandet (Daytona Beach), Seabreeze (Daytona Beach), DeLand, Fort Lauderdale, Fort Myers, Gainesville, Duval (Jacksonville), Osceola (Kissimmee), Columbia (Lake City), Lakeland, Leesburg, Suwannee (Live Oak), Miami, Ocala, Orlando, Putnam (Palatka), Pensacola, Plant City, Quincy, Seminole (Sanford), Ketterlinus (St.Augustine), St. St Petersburg, Leon (Tallahassee), Hillsborough (Tampa), Hardee (Wauchula), West Palm Beach och Winter Haven.
den första konstitutionen begränsade medlemskapet till offentliga skolor. Men 1930 ändrades det för att öppna medlemskap för privata och församlingsskolor också.
1951 röstade medlemsskolorna för att ändra ordet ”atletisk” till ”aktiviteter” i organisationens namn så att icke-atletiska aktiviteter som musik-och studentrådsprogram också skulle få ordentlig tillsyn på statsnivå.
Föreningen bildades 1962. Medan föreningens stadga aldrig specifikt hade uteslutit icke-vitt studentdeltagande deltog ingen faktiskt förrän 1967, då helt svart Gibbs High School inte bara deltog i basket utan vann statsmästerskapet. 1968 upplöstes FIAA. FHSAA har aldrig fullständigt införlivat de svarta gymnasiernas prestationer i sina rekordböcker.
1996 antog FHSAA regler som tillåter studenter som är inskrivna i hemutbildningsprogram att delta i interscholastiska aktiviteter. Reglerna skulle senare tillåta framtida Heisman Trophy quarterback Tim Tebow att delta i gymnasiet fotboll; liknande regler som antogs senare av andra stater skulle således kallas ”Tebow rule”.
i maj 1997 erkände Florida-lagstiftaren i stadgan FHSAA som styrande organ för interscholastisk friidrott i Florida, förutsatt att föreningen följer bestämmelserna i en lagstiftande mandatupprustning av sin regeringsstruktur.
namnet ändrades tillbaka till Florida High School Athletic Association 2002. Från och med augusti 2007 har FHSAA ett medlemskap i 748 skolor.
i 2017 antog föreningen en poängmetod för att rangordna fotbollslag för state championship playoffs. Poäng delas ut på grundval av vinster och förluster, motståndares poster och tidigare slutspelsrekord.