Proteinhydrolys är en användbar väg till isolering av enskilda aminosyror. Exempel inkluderar cystin från hydrolys av hår, tryptofan från kasein, histidin från röda blodkroppar och arginin från gelatin.
vanliga hydrolyserade produkter som används i livsmedel är hydrolyserat vegetabiliskt protein och jästextrakt, som används som smakförstärkare eftersom hydrolysen av proteinet producerar fri glutaminsyra. Vissa hydrolyserade nötköttproteinpulver används för specialdieter.
Proteinhydrolys kan användas för att modifiera de allergiframkallande egenskaperna hos spädbarnsformeln. Att minska storleken på komjölkproteiner i formeln gör den mer lämplig för konsumtion av spädbarn som lider av mjölkproteinintolerans. Den amerikanska FDA har godkänt en etikett för denna användning av delvis hydrolyserade proteiner i 2017, men en metaanalys som publicerades samma år visar otillräckliga bevis för denna användning.
hydrolyserat protein används också i vissa speciellt formulerade allergivänliga sällskapsdjur, särskilt hundmat för hundar och valpar som lider av allergier orsakade av vissa proteintyper i vanliga kommersiella hundmatmärken. Proteininnehållet i livsmedlen delas upp i peptider vilket minskar sannolikheten för att ett djurs immunsystem känner igen ett allergiskt hot. Hydrolyserade proteindieter för katter rekommenderas ofta för kattdjur med matallergier och vissa typer av matsmältningsproblem.