Musashi beställdes i Nagasaki den 5 augusti 1942, och tilldelas 1: a battleship division tillsammans med Yamato, Nagato och Mutsu. Från och med fem dagar senare genomförde fartyget maskiner och flygplanshanteringsförsök nära Hashirajima. Hennes sekundära beväpning av tolv 127 mm kanoner, 12 trippel 25 mm pistolfästen och fyra 13,2 mm (0.52 tum) luftfartygsmaskinpistoler monterades från 3-28 September 1942 kl Kure, liksom en typ 21 radar. Fartyget arbetade upp resten av året. Arima befordrades till konteramiral den 1 November.
Musashi tilldelades den kombinerade flottan, befalld av amiral Isoroku Yamamoto, den 15 januari 1943 och seglade till Truk tre dagar senare och anlände den 22 januari. Den 11 februari ersatte hon sitt systerfartyg Yamato som flottans flaggskepp. Den 3 April lämnade Yamamoto Musashi och flög till Rabaul, nya Storbritannien för att personligen styra ”Operation I-Go”, En japansk flygoffensiv på Salomonöarna. Hans order avlyssnades och dechiffrerades av magi, och amerikanska Lockheed P-38 Lightning fighters sköt ner hans flygplan och dödade honom i Operation Vengeance medan han var på väg från New Britain till Ballale, Bougainville. Den 23 April flögs hans kremerade rester tillbaka till Truk och placerades i hans stuga ombord på Musashi.
den 17 maj, som svar på amerikanska attacker på Attu Island, Musashi—tillsammans med bäraren Hiy Bisexuell, två tunga kryssare och nio förstörare—sorterade till norra Stilla havet. När ingen kontakt gjordes med amerikanska styrkor seglade fartygen till Kure den 23 maj, där Yamamotos aska togs från fartyget som förberedelse för en formell statsbegravning. Omedelbart därefter förstärktes Musashis arbetsgrupp avsevärt för att motverka amerikanska marinstyrkor utanför Attu, men ön fångades innan styrkan kunde ingripa. Den 9 juni blev Arima lättad av Kapten Keiz Ukrainian Komura. Den 24 juni, medan han renoverades vid Yokosuka Naval Arsenal, Musashi besöktes av kejsaren Hirohito och högt uppsatta sjöofficerare. Från 1 till 8 juli var fartyget utrustat med ett par Typ 22-radar vid Kure. Hon seglade till Truk den 30 juli och anlände dit sex dagar senare, där hon återupptog sin position som flottans flaggskepp för Amiral Mineichi Koga.
i mitten av oktober, som svar på misstankar om planerade amerikanska raider på Wake Island, Musashi ledde en stor flotta-tre bärare, sex slagskepp och 11 kryssare—för att fånga amerikanska styrkor, men misslyckades med att ta kontakt och återvände till Truk den 26 oktober. Hon tillbringade resten av 1943 i Truk Lagoon. Komura befordrades till konteramiral den 1 November och överfördes till 3: e flottan den 7 December som stabschef, kapten Bunji Asakura antar kommandot över Musashi.
fartyget stannade kvar i Truk lagunen fram till den 10 februari 1944, då hon återvände till Yokosuka. Den 24 februari seglade Musashi till Palau och bar en Imperial Japanese Army battalion och en annan av speciella Marinlandningsstyrkor och deras utrustning. Efter att ha förlorat det mesta av sin däcklast under en tyfon anlände hon till Palau den 29 februari och stannade där nästa månad. Den 29 mars lämnade Musashi Palau under skydd av mörkret för att undvika en förväntad luftangrepp och stötte på ubåten USS Tunny, som avfyrade sex torpeder vid slagskeppet; fem av dem missade, men den sjätte blåste ett hål 5,8 meter (19 fot) i diameter nära bågen och översvämmade henne med 3000 ton vatten. Torpedo hit dödade sju besättningsmän och sårade ytterligare elva. Efter tillfälliga reparationer seglade Musashi till Japan senare samma natt och anlände till Kure Naval Arsenal den 3 April. Från 10 till 22 April reparerades hon, medan hennes luftfartygsvapen ökades avsevärt i det utrymme som frigjordes genom avlägsnande av de strålmonterade 6,1 tum (155 mm) trippeltorn. När hon lossnade den 22 April bestod fartygets sekundära batteri av sex 15,5 cm kanoner, tjugofyra 12,7 cm kanoner, hundra trettio 25 mm kanoner och fyra 13,2 mm Maskingevär. Hon fick också nya radar (som fortfarande var primitiva jämfört med amerikansk utrustning), och djupladdningsskenor installerades på hennes fantail.
i maj 1944 befordrades Asakura till konteramiral och Musashi avgick Kure för Okinawa den 10 maj, sedan för Tawi-Tawi den 12 maj. Hon tilldelades den 1: A Mobilflottan, under befäl av Vice Admiral Jisabur Asia Ozawa, med sin syster. Den 10 juni lämnade slagskeppen Tawi-Tawi för Batjan under ledning av Vice Admiral Matome Ugaki, som förberedelse för Operation Kon, en planerad motattack mot den amerikanska invasionen av Biak. Två dagar senare, när ordet nådde Ugaki om amerikanska attacker mot Saipan, avleddes hans styrka till Marianerna. Efter att de rendezvoused med Ozawas huvudstyrka den 16 juni tilldelades slagskeppen till Vice Admiral Takeo Kuritas 2: a flotta. Under slaget vid filippinska havet attackerades inte Musashi. Efter Japans katastrofala nederlag i striden (även känd som ”Great Marianas Turkey Shoot”) återvände den andra flottan till Japan. Den 8 juli inledde Musashi och hennes syster 3 522 män och utrustning från Army ’ s 106: e infanteriregementet från 49: e infanteridivisionen och seglade till ön Lingga, dit de anlände den 17 juli.
Slaget vid Leytebukten
kapten Toshihira Inoguchi befriade Asakura som befäl över Musashi på grund av att han var i strid med 12 augusti 1944 och befordrades till konteramiral den 15 oktober. Tre dagar senare seglade hon till Brunei Bay, Borneo, för att gå med i den största japanska flottan som förberedelse för ”Operation Sho-1”, den motattack som planerades mot de amerikanska landningarna vid Leyte. Den japanska Planen krävde att Ozawas transportstyrkor skulle locka de amerikanska transportflottorna norr om Leyte så att Kuritas 1: a Avledningsstyrka (även känd som Central Force) kunde komma in i Leytebukten och förstöra amerikanska styrkor som landade på ön. Musashi, tillsammans med resten av Kuritas styrka, avgick Brunei till Filippinerna den 22 oktober.dagen därpå torpederade ubåten USS Dace och sjönk den tunga kryssaren Maya nära Palawan. Förstöraren Akishimo räddade 769 överlevande och överförde dem till Musashi senare på dagen.
förlust vid Sibuyanhavet
den 24 oktober, medan han passerade Sibuyanhavet, upptäcktes Kuritas fartyg av ett spaningsflygplan från flottans bärare USS Intrepid. Drygt två timmar senare attackerades slagskeppet av åtta Curtiss SB2C Helldiver dykbomber från Intrepid klockan 10: 27. En 500 pund (230 kg) bomb slog taket på torn nr 1, utan att tränga in. Två minuter senare slogs Musashi styrbord midskepp av en torpedo från en Grumman TBF Avenger, också från Intrepid. Fartyget tog på 3000 långa ton (3000 ton) vatten och en 5.5-graderslista till styrbord som senare reducerades till 1 grad genom motströmningsfack på motsatt sida. Under denna attack sköts två Avengers ner.
en och en halv timme senare attackerade ytterligare åtta Helldivers från Intrepid Musashi igen. En bomb träffade övre däck och misslyckades med att detonera; en annan träffade däckets babordssida och trängde in i två däck innan den exploderade över ett av maskinrummen. Fragment bröt ett ångrör i maskinrummet och tvingade dess övergivande såväl som det intilliggande pannrummet. Kraften förlorades till hamnen inombords propelleraxel och fartygets hastighet sjönk till 22 knop (41 km/h; 25 mph). Luftfartygsbrand sköt ner två Helldivers under denna attack. Tre minuter senare attackerade nio Avengers från båda sidor av fartyget och gjorde tre torpedträffar på hamnsidan. En träff på toppen torn nr 1, den andra översvämmade ett hydrauliskt maskinrum som tvingade huvudtornen att växla över till hjälphydrauliska pumpar, och den tredje översvämmade ett annat maskinrum. Mer motflöde minskade listan till en grad till hamn, men graden av översvämning minskade fartygets främre fribord med 6 fot (1,8 m). Under denna attack avfyrade Musashi sanshikidan luftfartygsskal från hennes huvudsakliga beväpning; ett skal detonerade i Mittpistolen i torn nr 1, möjligen på grund av ett bombfragment i tunnan och förstörde tornets upplyftande maskiner.
Vid 13:31, fartyget attackerades av 29 flygplan från flottan bärare Essex och Lexington. Två Grumman F6F Hellcat fighters straffade fartygets däck och Helldivers gjorde ytterligare fyra bombträffar nära hennes främre torn. Musashi drabbades av ytterligare fyra torpeder, varav tre var framför torn nr 1 och orsakade omfattande översvämningar. Fartyget listade nu en grad till styrbord och hade tagit på sig så mycket vatten att hennes båge nu var nere 13 fot (4,0 m) och hennes hastighet hade minskats till 20 knop (37 km/h; 23 mph). Två timmar senare attackerade nio Helldivers från Enterprise med 1000 pund (450 kg) pansarborrande bomber och gjorde fyra träffar. Fartyget drabbades av ytterligare tre torpeder, öppnade styrbords båge och minskade hastigheten till 13 knop (24 km/h; 15 mph). Klockan 15: 25 attackerades Musashi av 37 flygplan från Intrepid, flottans bärare Franklin och den lätta bäraren Cabot. Fartyget drabbades av 13 bomber och ytterligare 11 torpeder under denna attack för förlusten av tre Avengers och tre Helldivers. Hennes hastighet reducerades till 6 knop (11 km/h; 6.9 mph) slogs hennes huvudstyrmotor tillfälligt ut och hennes roder fastnade kort 15 grader till hamnen. Counterflooding minskade sin lista till sex grader till port från dess tidigare högst tio grader. Musashi hade drabbats av uppskattningsvis totalt 19 torpeder och 17 bomber.
Kurita lämnade Musashi för att klara sig själv klockan 15:30 och mötte henne igen klockan 16:21 efter att ha vänt kursen. Fartyget var på väg norrut, med en lista på 10 grader till hamn, ner 26 fot (7,9 m) vid fören med sin prognos översvämmas. Han detaljerade en tung kryssare och två förstörare för att eskortera henne medan desperata ansträngningar gjordes för att korrigera hennes lista, inklusive översvämning av ett annat maskinrum och några pannrum. Hennes motorer stannade innan hon kunde strandas. Klockan 19: 15 nådde hennes lista 12 grader och hennes besättning beordrades att förbereda sig för att överge fartyget, vilket de gjorde femton minuter senare när listan nådde 30 grader. Musashi kapsejsade kl 19:36 och sjönk i 4,430 fötter (1.350 m) vid 13°07 ’N 122°32’ E / 13.117°N 122.533°ECoordinates: 13°07 ’N 122°32’ E / 13.117°N 122.533°E. Inoguchi valde att gå ner med sitt skepp; 1 376 av hennes 2 399 man besättning räddades. Ungefär hälften av hennes överlevande evakuerades till Japan, och resten deltog i försvaret av Filippinerna. Förstöraren Shimakaze räddade 635 av Mayas överlevande från Musashi.