han är mest känd för sina välgörenhetsarbeten, efter att hans far grundade Rockefeller University (då fortfarande känt som Rockefeller Institute for Medical Research) 1901 och Rockefeller Foundation 1913, inte minst på hans initiativ. Han stödde också restaureringen av koloniala Williamsburg i Virginia och donerade 8,5 miljoner dollar till FN för att köpa marken för deras huvudkontor i New York City.som en övertygad representant för den ekumeniska rörelsen donerade han stora summor till protestantiska och Baptistiska institutioner under hela sitt liv, inklusive Federal Council of Churches, Union Theological Seminary, katedralen Saint John The Divine och Riverside Church.
år 1924 antogs Rockefeller som utländsk medlem till Academic Askormie des Beaux-Arts. Sedan 1931 var han en vald medlem av American Philosophical Society.
han hade ett starkt intresse för bevarande och köpte mark för flera amerikanska nationalparker, inklusive Grand Teton National Park, Acadia National Park, Great Smoky Mountains National Park, Yosemite National Park och Shenandoah National Park. 1972 hedrades han postumt av John D. Rockefeller Jr. Memorial Parkway mellan Grand Teton National Park och Yellowstone National Park namngavs efter honom. Rockefellerbergen och Rockefeller-platån i Antarktis bär också hans namn.