Jackson började spela i en liten roll i filmen Crooked Hearts 1991. Nästa år spelade han rollen som Charlie i en musikalisk version av Willie Wonka och Chokladfabriken. Vid denna tidpunkt, med hjälp av spelets casting director Laura Kennedy, gick han med i William Morris Agency. Strax efter landade han rollen som Charlie (#96) i Mighty Ducks-serien och spelade en ung och aspirerande hockeyspelare.
Joshua Jackson fortsatte med att visas som Pacey Witter på Dawson ’ s Creek, som skapades av Kevin Williamson och sprang på WB-nätverket från 1998 till 2003, och spelade också James Van Der Beek, Michelle Williams och Katie Holmes. Medan showen var på paus medverkade han i flera filmer inklusive Cruel Intentions (en New York yuppie-anpassning av Les Liaisons dangereuses som också spelade Sarah Michelle Gellar och Ryan Phillippe), skallarna, objektens säkerhet, Laramie-projektet och en kort komo i nyinspelningen av Ocean ’ s Eleven där han framträder som sig själv i en pokerscen med Brad Pitt, George Clooney och Holly Marie Combs, bland andra. År 2000 gästade han också i säsong 12 av Simpsons, uttrycker karaktären av Jesse Grass, en ”hunky miljöaktivist” och älskar intresse för Lisa Simpson i avsnittet ”Lisa The Tree Hugger”. Han spelades också som ”Beau” i filmen skvaller 2000 med skådespelare James Marsden, Kate Hudson och Norman Reedus.strax efter att Dawson ’ s Creek slutade 2003 spelade Jackson huvudrollen i filmer tillsammans med Dennis Hopper (Americano), Harvey Keitel (Shadows in The Sun) och Donald Sutherland (Aurora Borealis). 2005 flyttade Jackson till Storbritannien och gjorde sin scendebut på London West End med Patrick Stewart i David Mamets tvåmansspel, ett liv i teatern. Pjäsen var en kritisk och populär framgång, och sprang från februari till April samma år. Jackson sa att han skulle överväga att återvända till scenen för att försöka sin hand på Broadway. Hans nästa filmroll var i Bobby, regisserad av Emilio Estevez, Jacksons co-star från The Mighty Ducks. Han spelade en ledande roll i Shutter, en amerikansk remake av en thailändsk skräckfilm med samma namn. Han spelade och agerade som verkställande producent i den kanadensiska oberoende filmen en vecka, som öppnade den 6 mars 2009.från 2008 till 2013 spelade Jackson huvudrollen för Peter Bishop i science-fiction-serien Fringe, skapad av JJ Abrams, Roberto Orci och Alex Kurtzman. Serien dök upp på Fox TV-nätverk och var den näst högst rankade nya showen under säsongen 2008-2009 efter CBS ’ s The Mentalist. BuddyTV rankade honom som #9 på sin” TV ’s 100 Sexiest Men of 2010″ – lista, #19 2011 och #14 2012.
Jackson nominerades till Genie Award för bästa prestanda av en skådespelare i en ledande roll för filmen en vecka. Han vann priset den 12 April 2010. Han höll och var värd för den satiriska Pacey-Con 2010, tvärs över gatan från San Diego Comic-Con, sportar en bowlingskjorta och ger ut fanfiction, skriven av Dawson ’ s Creek fans, till dem som väntar i Comic-Con ingångslinje. Film av händelsen spelades in för en video, med titeln ’Pacey-Con’, som han filmade för Will Ferrell ’ s Funny or Die celebrity humor webbplats. År 2013 uppträdde Jackson i IFC-filmen oundviklig med Marisa Tomei och Alexander Siddig. Jackson skrev den första berättelsen från serietidningen Trilogy Beyond the Fringe, med titeln ”Peter and the Machine”. Jackson medverkade i den framgångsrika Showtime – TV-serien, The Affair, där han spelade Cole Lockhart, huvudpersonen till den otrogna Alison Lockhart.i mars 2018 gjorde Jackson sin teaterdebut på Broadway, Children of a Lesser God, där han spelade James Leeds, en okonventionell lärare i skolan för döva som får en konflikt professionell och romantisk relation med en tidigare döv student, Sarah Norman (Lauren Ridloff). Spelet gick fram till maj 2018.2019 spelade Jackson rollen som försvarsadvokat Mickey Joseph I Netflix drama miniserie när de ser oss.år 2020 spelade Jackson med Reese Witherspoon och Kerry Washington i Hulus miniserie Little Fires Everywhere baserat på romanen av Celeste Ng.
Jackson har gjutits i titelrollen i Dr. Death, baserat på podcasten med samma namn.