Rutherford gifte sig med Venezuelansk bankir Carlos Tarajano i juni 2001. Rutherford ansökte om skilsmässa i januari 2002, efter sex månaders äktenskap. Bröllopet presenterades kort därefter i februari 2002-numret av InStyle magazine.Rutherford gifte sig med sin andra Make, den tyska affärsmannen Daniel Giersch, i augusti 2006. I oktober 2006 födde hon sitt första barn, sonen Herm Baizis Gustaf Daniel Giersch.
medan han var gravid med sitt andra barn ansökte Rutherford om skilsmässa från Giersch den 30 December 2008. Rutherford och Giersch blev därefter inblandade i en vårdnadstvist om deras son och deras ofödda barn. Rutherford födde sitt andra barn, dotter Helena, i juni 2009.
i augusti 2009 nådde Rutherford och Giersch en tillfällig lösning av gemensam fysisk vårdnad, i kraft till April 2010. Rutherford fick också ett tillfälligt besöksförbud mot honom följande månad.
Gierschs USA. visa återkallades i April 2012, efter att Rutherfords advokat informerade Utrikesdepartementet om frågor som rör Gierschs företag, vilket ledde till att avdelningen drog slutsatsen att de hade tillräckliga bevis för att deportera honom.
det har rapporterats att anklagelserna involverade bedrägeri eller engagemang i droger och vapenhandel i Sydamerika, betraktade terrorism enligt Victory Act. Giersch kunde följaktligen inte komma in i USA och bosatte sig i Frankrike och Monaco. I maj 2012 åkte Rutherford och Gierschs barn till Frankrike för att tillbringa sommaren med sin far. Rutherford bad domstolen att bevilja sin enda vårdnad så att hon kunde hålla barnen främst i USA efter deras besök i Frankrike, eftersom det befintliga gemensamma vårdnadsavtalet krävde att hon skulle resa ofta för att Giersch skulle kunna tillbringa tid med barnen.
i augusti 2012, i ett allmänt rapporterat beslut, beslutade en domare i Kaliforniens högsta domstol att 50/50-vårdnadsarrangemanget borde förbli och att eftersom Giersch inte kan resa till USA, borde barnen bo i Frankrike med honom och gå i skolan där, med Rutherford som reser dit för att besöka dem. Även Rutherford motsatte sig beslutet och begärde ett uppskov med förfarandet medan hon överklagade, hennes begäran avslogs och det beslutades att, i två år, hans rätt att komma in i USA och därmed välbefinnande barnen kommer att omprövas.
i juni 2013 ansökte Rutherford om konkurs och uppgav att hon hade skulder på cirka 2 miljoner dollar, främst på grund av de 1,5 miljoner dollar hon spenderade på juridiska avgifter i samband med skilsmässa och vårdnadstvist med Giersch.i maj 2015 beviljades Rutherford tillfällig ensam vårdnad om sina barn, efter ett beslut om att både hennes son och dotter skulle föras tillbaka till USA från Monaco, där de hade bott med sin far sedan 2012. Den 23 juli 2015 beslutade en domare i Kalifornien att Kalifornien inte hade jurisdiktion över Rutherfords vårdnad om barn eftersom hon är bosatt i New York, och hennes tidigare make fick återigen vårdnad.Rutherford lämnade sedan in ett mål i New York men den 27 juli 2015 beslutade New York-domstolen att det inte heller hade behörighet.
i December 2015 bekräftade domstolarna i Monaco att full vårdnad var kvar hos barnens far, med Rutherford beviljade omfattande besöksrättigheter i Frankrike och Monaco samt delad input om ”hälsa, skolgång, religiös utbildning och byte av bostad”.