de chiffer som användes i kryptogram skapades inte ursprungligen för underhållningsändamål, utan för verklig kryptering av militära eller personliga hemligheter.
den första användningen av kryptogrammet för underhållningsändamål inträffade under medeltiden av munkar som hade fritid för intellektuella spel. Ett manuskript som hittades i Bamberg säger att irländska besökare till domstolen i merfyn Frych ap gwriad (död 844), kung av Gwynedd i Wales fick ett kryptogram som bara kunde lösas genom att införliva bokstäverna från Latin till grekiska. Runt det trettonde århundradet skrev den engelska munken Roger Bacon en bok där han listade sju chiffermetoder och uppgav att ”en man är galen som skriver en hemlighet på något annat sätt än en som kommer att dölja den för det vulgära.”I den 19: e århundradet Edgar Allan Poe bidragit till att popularisera kryptogram med många tidnings-och tidningsartiklar.kända exempel på kryptogram i samtida kultur är de syndikerade tidningen pussel Cryptoquip och Cryptoquote, från King Features.
i en offentlig utmaning, författare J. M. Appel meddelade den 28 September 2014 att innehållsförteckningen i hans novellsamling, Scouting for the Reaper, också fördubblades som ett kryptogram, och han lovade ett pris för den första som löste det.