i N styr spelaren en ninja som navigerar på kakelbaserade nivåer samtidigt som man undviker faror, samlar guld och så småningom öppnar en utgångsdörr som fullbordar nivån. Gameplay innebär fyra tangenter-ett drag – vänster nyckel (standard vänsterpil), ett drag-höger nyckel (standard högerpil), hoppning (standard shift-tangenten, men z-tangenten är ett vanligt alternativ), och självmord (standard K-tangenten). Kombinationer av att flytta och hoppa på olika typer av terräng gör det möjligt för ninja att utföra olika rörelser, som att hoppa från vägg till vägg, klättra upp vertikala lutningar och glida ner branta ytor.
Version 1.4 av N innehåller 100 avsnitt (numrerade 00 till 99), medan version 2.0 innehåller 120 avsnitt (på grund av att två bonuskolumner kan låsas upp efter avslutad huvudspelepisoder). Varje avsnitt i alla iterationer av spelet har fem nivåer (numrerade 0 till 4). N stöder också användarskapade nivåer. Detta görs genom en inbyggd nivåredigerare som heter NEd, eller”n Editor”. Nivåer kan läggas till i ett spel genom att ändra en textfil som åtföljer spelet som innehåller data användarnivå.
N 1.4 har totalt 500 kartor, varav 450 är gjorda av Metanet Software; 2.0 innehåller 600 nivåer, varav 500 är gjorda av Metanet Software. De återstående 50 nivåerna i 1.4 är ovannämnda användarnivåer som handplockades av Metanet 2005, medan de återstående 100 nivåerna i 2.0 var användarskapade nivåer valda av en panel av fans i slutet av 2012 och slutfördes av Metanet Software 2013. (Laget bakom valet av kortlista listades i spelets krediter under deras respektive Alias.) Målet för varje nivå är att utlösa omkopplaren och avsluta genom dörren öppnas inom tidsfristen. Vissa nivåer har mer än en utgång och tillhörande switch, vilket ger spelaren mer frihet att bestämma sin rutt och metod för att slutföra kartan. Varje avsnitt ges en kumulativ tidsgräns. I början av nivå 0 ges spelaren 90 sekunder för att slutföra de kommande fem nivåerna. Avsnittets tidsgräns kan ökas genom att samla guld, vilket ger två sekunder per stycke. Tiden kvar i slutet av varje nivå överförs till nästa nivå. Det enda undantaget är den slutliga nivån, där tiden kvar blir det episodens poäng.